Harpers Ferry a été colonisée en 1732 par Peter Stephens, dont les « droits de squatter » ont été achetés en 1747 par Robert Harper, pour qui la ville a été nommée. Vers 1750, Harper reçut un brevet sur 125 acres (0,5 km2) à l’emplacement actuel de la ville. En 1761, Harper établit un traversier sur le fleuve Potomac, faisant de la ville un point de départ pour les colons qui s’installent dans la vallée de Shenandoah et plus à l’ouest. En 1763, L’Assemblée générale de Virginie a établi la ville de « Shenandoah Falls à M., Harper’s Ferry. »
Le 25 octobre 1783, Thomas Jefferson visita Harpers Ferry. Il a vu « le passage du Potomac à travers la crête bleue » d’un rocher qui porte maintenant son nom. Jefferson a appelé le site « peut-être l » une des scènes les plus prodigieuses de la nature. »
George Washington, en tant que président de la Patowmack Company (qui a été formée pour compléter l’amélioration de la rivière sur le Potomac et ses affluents), se rendit à Harpers Ferry au cours de l’été de 1785 pour déterminer le besoin de canaux de dérivation., En 1794, la familiarité de Washington avec la région l’amena à proposer le site d’un nouvel arsenal et d’une armurerie des États-Unis. Une partie de la famille de Washington a déménagé dans la région; Charles Washington, plus jeune frère à part entière du Président, a fondé la ville de Charles Town, à environ six miles au sud-ouest. L’arrière-petit-neveu du président Washington, le Colonel Lewis Washington, fut retenu en otage lors du raid de John Brown en 1859.
en 1796, le gouvernement fédéral acheta une parcelle de terre aux héritiers de Robert Harper et, trois ans plus tard, la construction de L’Arsenal et de L’Arsenal américains à Harpers Ferry commença., Entre 1801 et 1861, quand il a été détruit pour empêcher la capture pendant la guerre civile, l’armurerie a produit plus de 600 000 mousquets, fusils et pistolets. L’industrialisation se poursuit en 1833 lorsque le canal Chesapeake& Ohio atteint Harpers Ferry, le reliant à Washington, D. C. Un an plus tard, le Baltimore& Ohio Railroad commence à desservir la ville.
Le 16 octobre 1859, L’abolitionniste radical John Brown mène un groupe de 21 hommes dans un raid sur l’arsenal., Brown et ses hommes attaquèrent et capturèrent plusieurs bâtiments; il espérait utiliser les armes capturées pour lancer un soulèvement d’esclaves dans tout le Sud. Les hommes de John Brown furent rapidement épinglés par les citoyens et les miliciens locaux et forcés de se réfugier dans la maison des machines adjacente à l’armurerie. Un contingent de Marines américains, dirigé par le Lieutenant-Colonel Robert E. Lee, a pris d’assaut la maison des machines et capturé la plupart des pillards, tuant quelques-uns et ne subissant qu’une seule victime. Brown fut jugé pour trahison contre le Commonwealth de Virginie, condamné et pendu à Charles Town., Le raid a été un catalyseur pour la guerre civile.
La Guerre civile fut désastreuse pour Harpers Ferry, qui changea de mains huit fois entre 1861 et 1865. Lorsque la Virginie a fait sécession en avril 1861, la garnison américaine a tenté de brûler l’arsenal et de détruire les machines, pour empêcher les Confédérés de l’utiliser. Les habitants ont sauvé l’équipement, que l’armée confédérée a transféré dans un endroit plus sûr dans sa capitale de Richmond. L’armée américaine n’a jamais renouvelé la production d’armes à Harpers Ferry.,
Après la fin de la guerre civile, en 1867, le Storer College, historiquement noir, fut fondé sur Camp Hill par le Révérend Nathan Cook Brackett. Parmi les anciens élèves notables figurent la légende du jazz Don Redman et le premier président de la République fédérale du Nigeria, Nnamdi Azikiwe. Le Storer College a fermé ses portes en juin 1955, et le campus fait maintenant partie du Parc historique national Harpers Ferry.
Le 15 août 1906, le Niagara Movement, dirigé par L’écrivain et érudit W. E. B. Du Bois et le militant politique William Monroe Trotter, tint sa première réunion en sol américain Sur le campus du Storer College., Le rassemblement de trois jours, qui a eu lieu pour garantir les droits civils des Afro-Américains, a été décrit plus tard par DuBois comme « l » une des plus grandes réunions que les Nègres Américains aient jamais tenues. »En 1911, les membres du Niagara Movement se joignirent à d’autres pour former la National Association for the Advancement of Colored People, mieux connue sous le nom de NAACP.
en 1944, la majeure partie de la ville est devenue une partie du National Park Service et est maintenant maintenue comme le Parc historique national Harpers Ferry., Tous les secteurs de la ville qui ne sont pas dans le parc sont inclus dans le District historique de Harpers Ferry, reconnu par le gouvernement fédéral.