IMGT classes de 20 acides aminés communs
classes « physico-chimiques » IMGT des 20 acides aminés communs
onze classes « physico-chimiques » IMGT des 20 acides aminés communs ont été définies par les propriétés physico-chimiques de leurs chaînes latérales (Figure 1) .,
ces classes normalisées sont utilisées dans les bases de données et les outils IMGT®, pour la description des changements de classe d’acides aminés dans les mutations et l’ingénierie des protéines.
Figure 1: Les 11 classes « physico-chimiques » IMGT des 20 acides aminés communs .,
‘Hydropathy’
| I | V | L | F | C | M | A | W (1) | G | T | S | Y | P | H | N | D | Q | E | K | R |
| 4.5 | 4.2 | 3.8 | 2.8 | 2.5 | 1.9 | 1.8 | -0.,9 | -0.4 | -0.7 | -0.8 | -1.3 | -1.6 | -3.2 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.9 | -4.,5 |
| hydrophobe | neutre | hydrophile | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Les acides aminés sont ordonnés du plus hydrophobe, L’Isoleucine (I, à gauche) au plus hydrophile, arginine (R, sur le côté droit), selon l’échelle Kyte-doolitle .
(1) le tryptophane, malgré sa valeur de -0,9 dans L’échelle de Kyte-Doolittle, a été classé dans la classe « hydrophobe » de L’IMGT, car il participe au noyau hydrophobe des domaines structuraux.,
‘Volume’
Les acides aminés sont classés du plus petit (G) au plus grand (W).
‘chimique’
‘Charge’
le groupe sulfhydryle de la cystéine et le groupe hydroxyle phénolique de la tyrosine présentent un certain degré d’ionisation dépendant du pH.
‘atomes donneurs ou accepteurs D’hydrogène’
Il existe 4 classes IMGT ‘atomes donneurs ou accepteurs d’hydrogène’. Les acides aminés de chaque classe sont dans l’ordre du tableau 2:
- donneur (R, K, W).
- accepteur (D, E).
- donneur et accepteur (N, Q, H, S, T, Y).
- aucun (A, C, G, I, L, M, F,P, V).,