La première des vingt et une missions californiennes, La Mission San Diego de Alcalá est nommée d’après le saint du XVe siècle, Didacus D’Alcalá, plus communément appelé Saint Diego. Fondée par le Père Junipero Serra le 16 juillet 1769, c’est ici que le rêve religieux et politique espagnol de commencer une chaîne de mission en Alta California est devenu réalité.,
située à l’origine sur une colline surplombant la baie, une sécheresse en 1774 a forcé les pères de la mission à déplacer la Mission San Diego à environ six milles à l’intérieur des terres, à son emplacement actuel, plus près de la rivière San Diego, pour avoir accès à des terres agricoles plus favorables et aux villages indiens locaux.
Les Indiens tipai-Ipai étaient résistants à la colonisation et, quelques semaines après la fondation de la mission, la violence avait causé la mort des Indiens et des missionnaires., En 1775, mécontents des règles et Règlements, des centaines d’Indiens Tipai locaux attaquèrent la mission, causant de grands dommages au bâtiment et tuant le Père Jayme, qui allait devenir le premier Martyr chrétien de Californie. Craignant un autre raid, les padres reconstruisirent la mission selon les spécifications d’un fort de l’armée.
Au fur et à mesure que la population missionnaire augmentait, le besoin d’une église plus grande augmentait. Les franciscains ont employé le maître maçon Miguel Blanco pour construire le bâtiment, ce qui a donné lieu à une conception considérée comme ancienne, même au moment de son achèvement., L’église dispose de fenêtres frappantes, construites en hauteur pour la protection contre les intrus, et aussi pour les empêcher de s’effondrer sous le poids des murs en pisé. Lorsque le toit s’est fissuré en 1811, de grands contreforts ont été ajoutés à l’avant de la mission. Cet ajout est venu juste à temps – le soutien supplémentaire a permis à la mission de survivre au tremblement de terre de 1812.
l’une des caractéristiques les plus frappantes de cette mission est le campanario de 46 pieds de haut, ou mur de cloches, qui contient cinq cloches. La plus grande de ces cloches en bronze s’appelle Mater Dolorosa et pèse 1 200 livres., Communes à toutes les missions, les cloches servaient à des fins diverses: elles annonçaient l’Heure de la messe, du travail, des repas et des siestes. Bien sûr, ils ont également mis en garde contre le danger, ont sonné pour honorer les morts, ont sonné pour célébrer la paix et ont proclamé l’arrivée des invités.
L’héritage du Père Junipero Serra demeure dans cette partie sud des missions californiennes. Construite en 1774, La Casa de Padre Serra, est l’endroit où dormait autrefois l’idéaliste missionnaire. On pense que cette pièce est la seule pièce originale à avoir survécu aux attaques indiennes et aux catastrophes naturelles.
le passé militaire de Mission San Diego a été mouvementé., L’occupation militaire américaine de la mission a commencé en 1846 et a duré 16 ans, jusqu’à ce que le président Abraham Lincoln signe une proclamation rendant la mission à l’Église catholique en 1862.
Aujourd’hui, l’Église et une chapelle plus récente, La Capilla de San Bernardino, se combinent pour servir de centre religieux pour la paroisse encore grande et active de Mission San Diego.