La pace si rivelò di breve durata, tuttavia, poiché alla fine del 1798 fu formata una nuova coalizione diretta contro la Francia (la Guerra della Seconda Coalizione, 1798-1802). Questa volta la Prussia rimase neutrale. Federico Guglielmo III, un sovrano coscienzioso e modesto ma inefficace, era notevole per la morale privata piuttosto che per l’abilità politica. Il governo di Berlino andò alla deriva avanti e indietro, dilettandosi in riforme economiche e amministrative minori senza migliorare significativamente la struttura dello stato., Un decennio di neutralità fu distrutto mentre i comandanti dell’esercito riposavano sugli allori di Federico il Grande. L’Austria, d’altra parte, ha svolto lo stesso ruolo di primo piano nella guerra della SECONDA Coalizione che ha fatto nella guerra della Prima Coalizione, con lo stesso risultato sfortunato. Le vittorie francesi a Marengo (14 giugno 1800) e Hohenlinden (3 dicembre 1800) costrinsero l’imperatore Francesco II ad accettare il trattato di Lunéville (9 febbraio 1801), che confermava la cessione della Renania., Più di questo, quei governanti che hanno perso i loro possedimenti sulla riva sinistra secondo i termini della pace dovevano ricevere un risarcimento altrove nell’impero. Per realizzare questa ridistribuzione del territorio, la Dieta imperiale affidò a un comitato di principi, il Reichsdeputation, il compito di disegnare una nuova mappa della Germania. La Francia, tuttavia, esercitò la maggiore influenza sulle sue deliberazioni. Napoleone aveva deciso di utilizzare l’insediamento di rivendicazioni territoriali per alterare radicalmente la struttura del Sacro Romano Impero., Il risultato fu che la Pausa finale (Hauptschluss) della Reichsdeputation del febbraio 1803 segnò la fine del vecchio ordine in Germania. Nel loro tentativo di stabilire una catena di stati satelliti ad est del Reno, i diplomatici francesi portarono all’eliminazione della più piccola e meno vitale delle componenti politiche della Germania. In tal modo hanno anche favorito il processo di consolidamento nazionale, poiché la frammentazione dell’autorità civica nell’impero era stata un pilastro del particolarismo. Che Napoleone non intendesse incoraggiare l’unità tra i suoi vicini è ovvio., Tuttavia, egli preparò involontariamente la strada per un processo di centralizzazione in Germania che contribuì a vanificare i suoi piani per il futuro ampliamento della Francia.
Le principali vittime della Pausa finale furono le città libere, i cavalieri imperiali e i territori ecclesiastici. Sono caduti a decine. Troppo deboli per essere utili alleati di Napoleone, furono distrutti dall’ambizione dei loro conquistatori francesi e dall’avidità dei loro vicini tedeschi., Potevano ancora vantarsi della loro storia antica come membri sovrani del Sacro Romano Impero, ma la loro esistenza era diventata incompatibile con un governo efficace in Germania. I principali eredi delle loro partecipazioni erano gli stati secondari più grandi. Per essere sicuro, Napoleone non poteva impedire all’Austria e alla Prussia di fare alcuni guadagni nella corsa generale per il territorio che avevano contribuito a rendere possibile. Ma lavorò per esaltare quei governanti tedeschi, la maggior parte dei quali nel sud, che erano abbastanza forti da essere vassalli di valore ma non abbastanza forti da essere potenziali minacce., Baviera, Württemberg, Baden, Assia-Darmstadt e Nassau furono i grandi vincitori della competizione per il bottino che era stato l’oggetto principale dei negoziati. La strategia di Napoleone era stata nella tradizione classica della diplomazia francese, la tradizione di Richelieu e Mazarin. I principi erano stati contrapposti all’imperatore per migliorare il ruolo che Parigi poteva svolgere negli affari degli stati tedeschi. Eppure i principi tedeschi non si risentivano di essere usati come pedine in un gioco politico per promuovere gli interessi di una potenza straniera., Qualunque obiezioni sollevassero contro l’insediamento del 1803 erano basate sull’opportunità e sull’opportunismo. L’atto d’accusa più grave del vecchio ordine fu che nell’ora del suo imminente crollo nessuno dei governanti tentò di difenderlo in nome del benessere generale della Germania.
La pausa finale è stato il prossimo ultimo atto nella caduta del Sacro Romano Impero. La fine arrivò tre anni dopo. Nel 1805 l’Austria si unì alla terza coalizione di Grandi Potenze determinata a ridurre la preponderanza della Francia (con conseguente guerra della Terza Coalizione, 1805-07)., L’esito di questa guerra fu ancora più disastroso di quelli delle guerre della prima e della seconda coalizione. Napoleone costrinse il principale esercito asburgico in Germania ad arrendersi a Ulm (17 ottobre 1805); poi scese su Vienna, occupando l’orgogliosa capitale del suo nemico; e infine inflisse una sconfitta schiacciante (2 dicembre 1805) all’esercito combinato russo e austriaco ad Austerlitz in Moravia (ora nella Repubblica Ceca)., Prima della fine dell’anno, Francesco II fu costretto a firmare l’umiliante Trattato di Pressburg (26 dicembre), che pose fine al ruolo dominante che la sua dinastia aveva svolto negli affari della Germania. Dovette cedere i suoi possedimenti nella Germania occidentale al Württemberg e al Baden, e la provincia del Tirolo alla Baviera. La strategia di Napoleone di giocare principesco contro le ambizioni imperiali si era rivelata un brillante successo. I governanti degli stati secondari del sud lo avevano sostenuto nella guerra contro l’Austria, e nella pace che ne seguì furono riccamente ricompensati., Non solo parteciparono al bottino sequestrato agli Asburgo, ma furono anche autorizzati ad assorbire le restanti città libere, i piccoli principati e i territori ecclesiastici. Infine, affermando i diritti di piena sovranità, i governanti di Baviera e Württemberg assunsero il titolo di re, mentre i governanti di Baden e Assia-Darmstadt si accontentarono del più modesto rango di granduca., Le ultime vestigia della costituzione imperiale erano ormai state distrutte e la Germania era pronta per una nuova forma di organizzazione politica che riflettesse i rapporti di potere creati dalla forza delle armi.
Nell’estate del 1806, 16 degli stati secondari, incoraggiati e spronati da Parigi, annunciarono che stavano formando un’associazione separata nota come Confederazione del Reno., L’arcivescovo Karl Theodor von Dalberg doveva presiedere la nuova unione come “principe primate”, mentre le future deliberazioni tra i membri dovevano istituire un collegio dei re e un collegio dei principi come organi legislativi comuni. Si è persino parlato di uno” statuto fondamentale ” che servirebbe come costituzione di una Germania ringiovanita. Eppure tutti questi piani coraggiosi non sono mai stati più di una facciata per la dura realtà dell’egemonia aliena in Germania., Napoleone fu proclamato “protettore” della Confederazione del Reno, e un’alleanza permanente tra gli Stati membri e l’Impero francese obbligò il primo a mantenere sostanziali forze militari a scopo di difesa reciproca. Non ci potrebbero essere dubbi sugli interessi di queste truppe. I governanti secondari della Germania dovevano pagare un bel tributo a Parigi per la loro sovranità fittizia appena acquisita., Il 1º agosto gli stati confederati proclamarono la loro secessione dall’impero, e una settimana dopo, il 6 agosto 1806, Francesco II annunciò che stava deponendo la corona imperiale. Il Sacro Romano Impero giunse così ufficialmente alla fine dopo una storia di mille anni.