La carriera comica di Benjamin è iniziata a Boston, dove è stato in un duo comico con Sam Seder, allora membro di Cross Comedy, un team comico guidato da David Cross. Per i primi sette anni della sua carriera, Benjamin ha lavorato quasi esclusivamente in gruppo piuttosto che in modo indipendente. In seguito, il suo lavoro indipendente è rimasto più sperimentale, rifiutando gli stili tradizionali di stand-up comedy.,
I progetti live di Benjamin includono the Midnight Pajama Jam, uno spettacolo eseguito a New York con Jon Glaser e Tinkle, uno spettacolo che combina stand-up comedy e musica dal vivo, co-ospitato da Todd Barry e David Cross. Un DVD di Midnight Pajama Jam è attualmente in produzione. Benjamin e Cross appaiono insieme nell’album Invitarli.
È stato ospite di Space Ghost Coast to Coast nel suo ottantunesimo episodio, “King Dead” il 17 dicembre 1999, dove Zorak e Moltar lo hanno rapito., È apparso nello show televisivo Cheap Seats, su ESPN Classic, come “Gene Stapleton”e” Rabbi Marc Shalowitz”. Ha recitato nel cortometraggio di Todd Barry Borrowing Saffron e ha interpretato una lattina parlante di verdure con una vergognosa abitudine di autofellatio nel film Wet Hot American Summer. Ha fatto brevi cammei in Not Another Teen Movie come l’allenatore di calcio, e sulla Rete FX commedia-dramma Rescue Me come il magnaccia “F-bomb” nella seconda stagione., Può essere visto in Turbocharge – the Unauthorized Story of the Cars, un biopic comico sulla rock band degli anni ’80 The Cars, che interpreta il ruolo del manager di Cars Elliot Roberts nella sua solita consegna comica impassibile.
Benjamin ha svolto un ampio lavoro vocale in programmi TV animati. I suoi crediti includono ruoli da protagonista in diversi cartoni animati Soup2Nuts, come Science Court; Home Movies; O’Grady; Dr. Katz, Terapeuta professionista; e Assy McGee. Ha co-creato Freak Show con David Cross., Benjamin ha interpretato il diavolo e molti altri ruoli in Lucy, la figlia del diavolo, che è andato in onda per una stagione su Adult Swim a partire dal 9 settembre 2007. Benjamin interpreta un personaggio ricorrente nella serie PBS Kids WordGirl ed è l’annunciatore del Sam Seder Show e del Rapporto di maggioranza. Ha fatto la voce di “Shelly”, il contabile di Sam Seder, su Breakroom Live con Maron & Seder.
Benjamin ha fatto apparizioni in diversi spettacoli animati., È stato negli episodi di Aqua Teen Hunger Force “Bus of the Undead” e ” The Last One “come Mothmonsterman, in” Broodwich “come Mr. Sticks, in” Bible Fruit “come Mortimer Mango e ha interpretato il ruolo live-action di Master Shake in” Last Last One Forever and Ever”, accreditato come Capt. Turd Mahoy. Ha fatto un cameo come un agente del governo nel film Aqua Teen Hunger Force Colon Film per i teatri al fianco di frequente collaboratore Jon Glaser., E “apparso in Family Guy come Carl, un film trivia ossessionato negozio impiegato che ha interpretato Yoda nella parodia di Star Wars episodio”Qualcosa, Qualcosa, Qualcosa, Lato oscuro”.
Altre apparizioni includono The Venture Bros., negli episodi “Escape to the House of Mummies Part II”, “I Know Why the Caged Bird Kills” e “The Better Man”, in cui interpretava il maestro del Dr. Orpheus—che appare sotto forma di Cerbero, il cavallo di Caterina il Grande e, in “The Better Man”, sia l’ex moglie del Dr. Orpheus che un futuro Dean Venture, rispettivamente., È apparso nel corto Stella “Bar”, che può essere trovato come un uovo di Pasqua sul DVD della Stagione 1. Benjamin è apparso nel Comedy Central sketch / variety show Cose importanti con Demetri Martin.
Nel 2009, Benjamin e David Cross hanno creato e scritto per Paid Programming, un pilota live-action per il blocco di programmazione a tarda notte di Cartoon Network, Adult Swim. La programmazione a pagamento non è stata raccolta per una serie completa e Benjamin lo ha definito un “fallimento abietta”.,
Benjamin è stato descritto in uno spot del Super Bowl XLIII Bud Light con Conan O’Brien ed è stato responsabile per i video McCain Girls su YouTube. Dà la voce a Sterling Archer, un agente segreto nella serie FX Archer che è andata in onda per la prima volta il 14 gennaio 2010. È apparso in diversi segmenti dello show televisivo Human Giant e ha avuto un cameo in American Dad! episodio “Licenza di Till” come una testa di cavolo parlante.
Benjamin ha recitato nella serie Comedy Central Jon Benjamin ha un furgone, che ha co-creato con il comico Leo Allen., La serie ha debuttato il 14 maggio 2011; un totale di 10 episodi in onda, l’ultimo il 10 agosto 2011.
A partire dal 2013, la voce di Benjamin può essere ascoltata come narratore di una serie di spot televisivi per Coke Zero, tra cui alcuni con legami con il programma College Game Day di ESPN.
Nel 2014, Benjamin è stato nominato come miglior attore comico maschile dell’anno per il suo lavoro su Bob’s Burgers e Archer dai Vulture TV Awards, un’espansione digitale del New York magazine.
Nel 2015, nonostante non sapesse suonare nessuno strumento, Benjamin ha pubblicato il suo primo album jazz, Beh, avrei dovuto…., Benjamin “suonato” piano ed è stato raggiunto da Scott Kreitzer al sax, David Finck al basso e Jonathan Preitz alla batteria.
Benjamin ha scritto l’autobiografia comica Failure is an Option: An Attempted Memoir, che è stato pubblicato da Penguin Random House nel maggio 2018. Ha narrato l’audiolibro.
Benjamin ha iniziato ad apparire in spot pubblicitari per la catena di ristoranti Arby’s nel 2018 come loro nuovo portavoce promuovendo la loro varietà di carni “per panini”.
Il 22 gennaio 2020, Benjamin ha approvato Bernie Sanders come presidente e ha narrato una serie di video sulle proposte sanitarie di Sanders.,
Nel marzo 2020, Benjamin è stato la voce di Saddam Hussein in Blowback, un podcast della guerra in Iraq creato e ospitato da Brendan James e Noah Kulwin.
Nel settembre 2020, Benjamin ha narrato il video di lancio per il Gravel Institute.