IMGT classes of the 20 common amino acids
Classi IMGT ‘fisico-chimiche’ dei 20 amminoacidi comuni
Undici classi IMGT ‘fisico-chimiche’ dei 20 amminoacidi comuni sono state definite dalle proprietà fisico-chimiche delle loro catene laterali (Figura 1) .,
Queste classi standardizzate sono utilizzate nei database e negli strumenti IMGT®, per la descrizione dei cambiamenti di classe degli amminoacidi nelle mutazioni e nell’ingegneria delle proteine.
Figura 1: Le 11 classi IMGT ‘fisico-chimiche’ dei 20 amminoacidi comuni .,
‘Hydropathy’
| I | V | L | F | C | M | A | W (1) | G | T | S | Y | P | H | N | D | Q | E | K | R |
| 4.5 | 4.2 | 3.8 | 2.8 | 2.5 | 1.9 | 1.8 | -0.,9 | -0.4 | -0.7 | -0.8 | -1.3 | -1.6 | -3.2 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.9 | -4.,5 |
| IDROFOBO | NEUTRO | IDROFILO | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Aminoacidi sono ordinate dalla più idrofobo uno, Isoleucina (I, sul lato sinistro) per la maggior parte idrofila uno, Arginina (R, sul lato destro), secondo il Kyte-Doolitle scala .
(1) Il triptofano, nonostante il suo valore di -0,9 nella scala Kyte-Doolittle, è stato classificato nella classe IMGT ‘hydrophobic’, in quanto partecipa al nucleo idrofobo dei domini strutturali.,
‘Volume’
Gli amminoacidi sono ordinati dal più piccolo (G) al più grande (W).
‘Chimico’
‘Carica’
Il gruppo sulfidrilico della cisteina e il gruppo fenolico idrossilico della tirosina mostrano un certo grado di ionizzazione dipendente dal pH.
‘Atomi donatore o accettore di idrogeno’
Esistono 4 classi IMGT ‘Atomi donatore o accettore di idrogeno’. Gli amminoacidi in ogni classe sono nell’ordine della Tabella 2:
- Donatore (R, K, W).
- Accettore (D, E).
- Donatore e accettore (N, Q, H, S, T, Y).
- Nessuno (A, C, G, I, L, M, F, P,V).,