Gli indigeni sono emarginati in Messico da quando la Spagna colonizzò la regione nel 1519. La malattia, la schiavitù e lo sfruttamento hanno colpito e devastato molte comunità indigene americane e gli effetti della colonizzazione hanno continuato a colpire le comunità indigene messicane. Gli indigeni costituiscono il 15% della popolazione del Messico, e nel 2011, la popolazione ha anche costituito la maggior parte del 18% della popolazione del Messico che vive con l’insicurezza alimentare., Lo stato messicano più meridionale del Chiapas detiene circa il 13% dell’intera popolazione indigena del paese e ha anche il secondo più alto tasso di povertà dopo lo stato di Guerrero. Circa la metà della popolazione indigena in Chiapas non ha riportato alcun reddito nel censimento del 2010 con un altro 42% di individui che guadagnano meno di $5 al giorno. Anche le popolazioni indigene dello stato sono state colpite dalla malnutrizione e dall’accesso limitato ai servizi sanitari e educativi., L’oppressione economica era visibile anche durante gli 1950 quando agli indigeni fu impedito di entrare nei limiti della città di San Cristobal e invece dovette vendere alcuni dei loro oggetti agli intermediari a valori molto inferiori al valore degli oggetti reali.
Dopo il massacro di Tlatelolco, il governo messicano ha continuato a sopprimere le istanze di mobilitazione politica e organizzazione sociale come parte di quella che è conosciuta come la Guerra sporca. Nonostante la minaccia di persecuzione del governo, organizzazioni campesino così come piccoli gruppi armati hanno cominciato a formare in Chiapas nel 1970., Nel tentativo di reprimere la resistenza indigena nella regione, i proprietari di fattorie e terreni hanno creato forze paramilitari sponsorizzate dal governo messicano progettate per ricambiare violentemente contro la potenziale sfida indigena. Allo stesso tempo, molti individui indigeni conosciuti come guerriglieri formarono piccoli gruppi armati militanti in risposta alla persecuzione, uno dei quali divenne l’EZLN.,
Carlos Salinas è stato eletto presidente del Messico nel 1988, e mentre ha promesso di utilizzare i finanziamenti del governo per aiutare gli stati poveri come il Chiapas, i residenti non hanno mai visto il denaro controllato dal Partito rivoluzionario istituzionale. Il catalizzatore per la decisione dell’EZLN di ribellarsi fu la revisione dell’articolo 27 del 1991 nella costituzione rivoluzionaria del Messico del 1917. Ai sensi dell’articolo 27, i terreni comunali nativi o ejidos erano protetti dalla vendita o dalla privatizzazione. Con la rimozione dell’articolo 27, gli agricoltori nativi temevano la perdita delle loro terre rimanenti e le importazioni a basso costo dagli Stati Uniti., Nell’anno precedente alla ribellione, l’EZLN designò il Subcomandante Marcos (in inglese” Subcommander”) come leader ideologico della rivolta e fece anche piani per dichiarare guerra allo stato del Messico. Marcos era unico nella sua leadership perché a differenza della maggior parte dei partecipanti alla rivolta, la sua etnia era meticcia invece che indigena. EZLN dichiarò guerra allo stato messicano il 1 gennaio 1994 per protestare contro l’attuazione del NAFTA.