La maggior parte delle persone che hanno un sistema immunitario sano si riprenderà senza trattamento. La diarrea può essere gestita bevendo molti liquidi per prevenire la disidratazione. Le persone che sono in cattive condizioni di salute o che hanno indebolito il sistema immunitario sono a più alto rischio di malattie più gravi e prolungate. I bambini piccoli e le donne incinte possono essere più suscettibili alla disidratazione derivante dalla diarrea e dovrebbero bere molti liquidi mentre sono malati. La rapida perdita di liquidi da diarrea può essere particolarmente pericolosa per la vita dei bambini., Pertanto, i genitori dovrebbero parlare con i loro operatori sanitari sulle opzioni di terapia sostitutiva dei liquidi per i neonati.
La medicina antidiarroica può aiutare a rallentare la diarrea, ma un operatore sanitario deve essere consultato prima di assumere tale medicinale. Nitazoxanide è stato approvato dalla FDA per il trattamento della diarrea causata da Cryptosporidium nelle persone con un sistema immunitario sano ed è disponibile su prescrizione medica. Tuttavia, l’efficacia di nitazoxanide in individui immunosoppressi non è chiara.,
Gli individui sieropositivi che sospettano di avere la criptosporidiosi devono contattare il proprio fornitore di assistenza sanitaria. Per quelle persone con HIV / AIDS, la terapia anti-retrovirale che migliora lo stato immunitario diminuirà o eliminerà anche i sintomi della criptosporidiosi. Tuttavia, anche se i sintomi scompaiono, la criptosporidiosi spesso non è curabile e i sintomi possono tornare se lo stato immunitario peggiora.