w 1910 roku na czele misji stanął św. John O ' Sullivan, w tym czasie jego społeczność została rozproszona, a budynki popadły w ruinę. Zajął się odbudową wspólnoty parafialnej, a także odbudową starych obiektów. W 1918 roku Kościół misyjny San Juan Capistrano otrzymał status kościoła parafialnego. Kaplica Serra, najstarszy stojący budynek kościoła w Kalifornii i jedyny zachowany budynek, w którym St., Junipero Serra jest znany jako Msza, był używany do nabożeństw, ponieważ oryginalny kamienny kościół misji został zniszczony w trzęsieniu ziemi w 1812 roku.
na przestrzeni lat podejmowano różne starania o odbudowę kościoła, ale spowodowały tylko dalsze szkody. O ' Sullivan, który pełnił funkcję pastora aż do swojej śmierci w 1933 roku, myślał o budowie nowego kościoła parafialnego wzorowanego na starym kamiennym kościele, ale nigdy nie zrealizował swojego pomysłu. Sprawę budowy nowego kościoła parafialnego podjął ks. Paul Martin, który został mianowany pastorem w 1976 roku., W tym czasie ludność Katolicka znacznie wzrosła, a Kaplica Serra była niewystarczająca do potrzeb parafii.
Dzwonnica o zmierzchu
zbiórka pieniędzy rozpoczęła się w 1981 roku. Pierwsza msza w nowym budynku została odprawiona w Boże Narodzenie 1984, ale budowa nie została ukończona przez kolejne dwa lata., Pierwsza msza w nowym kościele została odprawiona 23 października 1986 roku, a budynek został oficjalnie poświęcony przez kardynała Timothy ' ego Manninga 8 lutego 1987 roku.