Harpers Ferry zostało założone w 1732 roku przez Petera Stephensa, którego” prawa do lokatora ” kupił w 1747 roku Robert Harper, od którego miasto zostało nazwane. W 1750 roku Harper otrzymał patent na 125 akrów (0,5 km2) w obecnej lokalizacji miasta. W 1761 roku Harper założył prom przez Rzekę Potomac, czyniąc miasto punktem wyjścia dla osadników przemieszczających się do Doliny Shenandoah i dalej na zachód. W 1763 roku Zgromadzenie Ogólne Wirginii ustanowiło miasto ” Shenandoah Falls at Mr., Harper ' s Ferry.”
25 października 1783 roku Thomas Jefferson odwiedził Harpers Ferry. Oglądał „Przejście Potomaku przez Błękitny grzbiet” ze skały, którą teraz nazwano na jego cześć. Jefferson nazwał tę stronę ” Być może jedną z najbardziej zdumiewających scen w przyrodzie.”
George Washington, jako prezes Patowmack Company (która została utworzona w celu dokończenia modernizacji rzeki Potomaku i jej dopływów), udał się do Harpers Ferry latem 1785 roku, aby określić potrzebę obejścia kanałów., W 1794 r. znajomość terenu przez Washingtona skłoniła go do zaproponowania miejsca pod nową zbrojownię i Arsenał Stanów Zjednoczonych. Część rodziny Washingtona przeniosła się do tego obszaru; Charles Washington, najmłodszy pełny brat prezydenta, założył miasto Charles Town, Około 6 mil na południowy zachód. Bratanek prezydenta Washingtona, pułkownik Lewis Washington, był zakładnikiem podczas nalotu Johna Browna w 1859 roku.
w 1796 roku rząd federalny zakupił działkę od spadkobierców Roberta Harpera, a trzy lata później rozpoczęto budowę US Armory and Arsenal w Harpers Ferry., W latach 1801-1861, kiedy został zniszczony, aby zapobiec przechwyceniu podczas wojny secesyjnej, Zbrojownia wyprodukowała ponad 600 000 muszkietów, karabinów i pistoletów. Industrializacja trwała w 1833 roku, gdy Chesapeake& Ohio Canal dotarł do Harpers Ferry, łącząc go z Waszyngtonem. rok później, Baltimore & Ohio Railroad rozpoczął usługi kolejowe przez miasto.
16 października 1859 radykalny abolicjonista John Brown poprowadził grupę 21 mężczyzn w nalocie na arsenal., Brown i jego ludzie zaatakowali i zdobyli kilka budynków; miał nadzieję wykorzystać zdobytą broń do zainicjowania powstania niewolników na południu. Ludzie Johna Browna zostali szybko przygnieceni przez miejscową milicję i zmuszeni do schronienia się w maszynowni sąsiadującej z zbrojownią. Grupa amerykańskich Marines, dowodzona przez ówczesnego podpułkownika Roberta E. Lee, zaatakowała maszynownię i schwytała większość najeźdźców, zabijając kilku i ponosząc jedną ofiarę. Brown został osądzony za zdradę stanu Wirginii, skazany i powieszony w Charles Town., Nalot był katalizatorem Wojny Secesyjnej.
wojna secesyjna była katastrofalna dla Harpers Ferry, który w latach 1861-1865 zmieniał ręce ośmiokrotnie. Kiedy w kwietniu 1861 roku Wirginia przystąpiła do secesji, garnizon USA próbował spalić arsenał i zniszczyć maszyny, aby uniemożliwić Konfederatom korzystanie z niego. Miejscowi uratowali sprzęt, który Armia Konfederacka przeniosła do bezpieczniejszego miejsca w stolicy Richmond. US Army nigdy nie wznowiło produkcji broni w Harpers Ferry.,
Po zakończeniu wojny secesyjnej, w 1867 roku, historycznie black Storer College został założony na Camp Hill przez wielebnego Nathana Cooka Bracketta. Znani absolwenci to legenda jazzu Don Redman i pierwszy prezydent Federalnej Republiki Nigerii, Nnamdi Azikiwe. Storer College został zamknięty w czerwcu 1955, a kampus jest obecnie częścią Harpers Ferry National Historical Park.
15 sierpnia 1906 r. ruch Niagara, kierowany przez pisarza i uczonego W. E. B. Du Boisa i działacza politycznego Williama Monroe ' a Trottera, odbył pierwsze spotkanie na amerykańskiej ziemi w kampusie Storer College., Trzydniowe spotkanie, które odbyło się w celu zabezpieczenia praw obywatelskich dla Afroamerykanów, zostało później opisane przez DuBois jako ” jedno z największych spotkań, jakie Amerykańscy Murzyni kiedykolwiek odbyli.”W 1911 roku członkowie Ruchu Niagara połączyli się z innymi, tworząc Narodowe Stowarzyszenie Na Rzecz Rozwoju kolorowych ludzi, lepiej znane jako NAACP.
w 1944 roku większość miasta stała się częścią National Park Service i jest obecnie utrzymywana jako Harpers Ferry National Historical Park., Wszystkie obszary miasta znajdujące się poza parkiem znajdują się w uznanym przez władze federalne Harpers Ferry Historic District.