imgt classes of the 20 common amino acids
klasy „fizykochemiczne” Imgt 20 aminokwasów zwyczajnych
jedenaście klas „fizykochemicznych” Imgt 20 aminokwasów zwyczajnych zostało zdefiniowanych na podstawie właściwości fizykochemicznych ich łańcuchów bocznych (Rysunek 1) .,
te znormalizowane klasy są wykorzystywane w bazach danych IMGT® i narzędziach do opisu zmian klas aminokwasów w mutacjach i inżynierii białek.
Rysunek 1: 11 klas „fizykochemicznych” IMGT 20 typowych aminokwasów .,
’Hydropathy'
| I | V | L | F | C | M | A | W (1) | G | T | S | Y | P | H | N | D | Q | E | K | R |
| 4.5 | 4.2 | 3.8 | 2.8 | 2.5 | 1.9 | 1.8 | -0.,9 | -0.4 | -0.7 | -0.8 | -1.3 | -1.6 | -3.2 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.9 | -4.,5 |
| hydrofobowy | neutralny | hydrofilowy | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
aminokwasy są uporządkowane od najbardziej hydrofobowego, izoleucyny (i, po lewej stronie) do najbardziej hydrofilowego, argininy (R, po prawej stronie), według skali Kyte-doolitle .
(1) tryptofan, pomimo wartości -0,9 w skali Kyte 'a-Doolittle' a, został sklasyfikowany w klasie imgt „hydrofobowej”, ponieważ uczestniczy w rdzeniu hydrofobowym domen strukturalnych.,
„objętość”
aminokwasy są uporządkowane od najmniejszego (G) do największego (W).
’chemiczne'
’ładunek'
Grupa sulfhydrylowa cysteiny i fenolowa grupa hydroksylowa tyrozyny wykazują pewien stopień jonizacji zależnej od pH.
„Atomy donora lub akceptora wodoru”
istnieją 4 klasy imgt „Atomy donora lub akceptora wodoru”. Aminokwasy w każdej klasie są w porządku Tabeli 2:
- dawcy (R, K, W).
- akceptor (D, E).
- dawca i akceptor (N, Q, H ,S, T, Y).
- brak (A, C, G ,i, L, M, F, P, V).,