pokój okazał się krótkotrwały, jednak pod koniec 1798 roku powstała nowa koalicja skierowana przeciwko Francji (wojna drugiej koalicji, 1798-1802). Tym razem Prusy pozostały neutralne. Fryderyk Wilhelm III, sumienny i skromny, ale nieskuteczny władca, wyróżniał się raczej moralnością prywatną niż umiejętnościami politycznymi. Rząd w Berlinie dryfował tam i z powrotem, angażując się w drobne reformy gospodarcze i administracyjne bez znaczącej poprawy struktury państwa., Dekada neutralności została przerwana, podczas gdy dowódcy armii spoczywali na laurach Fryderyka Wielkiego. Z drugiej strony Austria odegrała tę samą wiodącą rolę w wojnie drugiej koalicji, co w wojnie Pierwszej Koalicji, z takim samym niefortunnym skutkiem. Francuskie zwycięstwa pod Marengo (14 czerwca 1800) i Hohenlinden (3 grudnia 1800) zmusiły cesarza Franciszka II do zawarcia traktatu w Lunéville (9 lutego 1801), który potwierdził cesję Nadrenii., Co więcej, ci władcy, którzy utracili swoje posiadłości na lewym brzegu na warunkach pokoju, mieli otrzymać odszkodowanie w innych częściach Cesarstwa. W celu przeprowadzenia tej redystrybucji terytorium, dieta Cesarska powierzyła Komitetowi Książąt, Reichsdeputacji, zadanie opracowania nowej mapy Niemiec. Francja wywarła jednak duży wpływ na swoje rozważania. Napoleon postanowił wykorzystać rozstrzyganie roszczeń terytorialnych, aby zasadniczo zmienić strukturę Świętego Cesarstwa Rzymskiego., Skutkiem tego była ostateczna Przerwa (Hauptschluss) w Reichsdeputacji z lutego 1803 oznaczała koniec starego porządku w Niemczech. Dążąc do utworzenia łańcucha państw satelickich na wschód od Renu, francuscy dyplomaci doprowadzili do likwidacji najmniejszych i najmniej opłacalnych elementów politycznych Niemiec. W ten sposób przyczynili się również do procesu konsolidacji narodowej, ponieważ rozdrobnienie władzy Obywatelskiej w Cesarstwie było podstawą partykularyzmu. To, że Napoleon nie zamierzał zachęcać do jedności między sąsiadami, jest oczywiste., Jednak nieświadomie przygotowywał drogę do procesu centralizacji w Niemczech, który pomógł udaremnić jego własne plany przyszłej ekspansji Francji.
głównymi ofiarami ostatniej przerwy były wolne miasta, rycerze cesarscy i terytoria kościelne. Spadli o dziesiątki. Zbyt słabi, by być użytecznymi sojusznikami Napoleona, zostali zniszczeni przez ambicje francuskich zdobywców i chciwość niemieckich sąsiadów., Nadal mogli pochwalić się swoją starożytną historią jako suwerenni członkowie Świętego Cesarstwa Rzymskiego, ale ich dalsze istnienie stało się niezgodne z faktycznym rządem w Niemczech. Głównymi spadkobiercami ich majątku były większe państwa wtórne. Napoleon nie był w stanie powstrzymać Austrii i Prus przed osiągnięciem pewnych korzyści w ogólnej walce o terytorium, które pomogły im uczynić możliwym. Ale starał się wywyższyć niemieckich władców, większość z nich na południu, którzy byli wystarczająco silni, aby być cennymi wasalami, ale nie wystarczająco silni, aby być potencjalnymi zagrożeniami., Bawaria, Wirtembergia, Badenia, Hesja-Darmstadt i Nassau były wielkimi zwycięzcami w konkursie o łupy, które były głównym przedmiotem negocjacji. Strategia Napoleona była w klasycznej tradycji dyplomacji francuskiej, tradycji Richelieu i Mazarina. Książęta byli przeciwstawiani cesarzowi, aby wzmocnić rolę, jaką Paryż mógł odegrać w sprawach państw niemieckich. Jednak niemieccy książęta nie mieli pretensji do wykorzystywania ich jako pionków w grze politycznej w celu promowania interesów obcego mocarstwa., Wszelkie zastrzeżenia wobec ugody z 1803 roku opierały się na celowości i oportunizmie. Najpoważniejszym oskarżeniem starego porządku było to, że w godzinie jego rychłego upadku żaden z władców nie próbował go bronić w imię powszechnego dobra Niemiec.
ostatnia przerwa była kolejnym ostatnim aktem upadku Świętego Cesarstwa Rzymskiego. Koniec nastąpił trzy lata później. W 1805 roku Austria przystąpiła do trzeciej koalicji wielkich mocarstw zdeterminowanych zmniejszyć przewagę Francji (w wyniku czego wybuchła wojna trzeciej koalicji, 1805-1807)., Wynik tej wojny był jeszcze bardziej katastrofalny niż wojny Pierwszej i drugiej koalicji. Napoleon zmusił główną armię Habsburgów w Niemczech do poddania się pod Ulm (17 października 1805); następnie zszedł na Wiedeń, zajmując dumną stolicę wroga; i wreszcie zadał miażdżącą klęskę (2 grudnia 1805) połączonej armii rosyjskiej i austriackiej pod Austerlitz na Morawach (obecnie w Czechach)., Przed końcem roku Franciszek II został zmuszony do podpisania upokarzającego Traktatu w Pressburgu (26 grudnia), który zakończył dominującą rolę, jaką jego dynastia odegrała w sprawach Niemiec. Musiał oddać swoje posiadłości w zachodnich Niemczech Wirtembergii i Badenii, a prowincję Tyrol Bawarii. Strategia Napoleona gry Książęcej przeciwko imperialnym ambicjom okazała się genialnym sukcesem. Władcy drugorzędnych państw na południu wspierali go w wojnie z Austrią, a w pokoju, który się z nią wiązał, byli bogato wynagradzani., Nie tylko dzielili się łupem zdobytym od Habsburgów, ale także mogli wchłonąć pozostałe wolne miasta, drobne księstwa i terytoria kościelne. Ostatecznie, twierdząc o prawach pełnej suwerenności, władcy Bawarii i Wirtembergii przyjęli tytuł króla, podczas gdy władcy Badenii i Hesji-Darmstadt zadowalali się skromniejszą rangą wielkiego księcia., Ostatnie pozostałości cesarskiej konstytucji zostały zniszczone, a Niemcy byli gotowi na nową formę organizacji politycznej odzwierciedlającą związki władzy utworzone siłą zbrojną.
latem 1806 roku 16 Stanów drugorzędnych, zachęconych i popieranych przez Paryż, ogłosiło utworzenie odrębnego Stowarzyszenia, znanego jako Konfederacja Renu., Arcybiskup Karl Theodor von Dalberg miał przewodniczyć nowej Unii jako „książę prymas”, podczas gdy przyszłe obrady wśród członków miały ustanowić kolegium królów i kolegium Książąt jako wspólne organy legislacyjne. Mówiono nawet o „ustawie fundamentalnej”, która służyłaby jako Konstytucja odmłodzonych Niemiec. Jednak wszystkie te odważne plany były tylko fasadą surowej rzeczywistości obcej hegemonii w Niemczech., Napoleon został ogłoszony „protektorem” Konfederacji nad Renem, a stały sojusz między państwami członkowskimi a Cesarstwem francuskim zobowiązał te pierwsze do utrzymania znacznych sił wojskowych w celu wzajemnej obrony. Nie ma wątpliwości, w czyim interesie służyłyby te oddziały. Od drugorzędnych władców Niemiec oczekiwano złożenia hołdu dla Paryża za nowo nabytą pozorną suwerenność., 1 sierpnia Skonfederowane Stany ogłosiły secesję od cesarstwa, a tydzień później, 6 sierpnia 1806, Franciszek II ogłosił złożenie korony cesarskiej. Święte Cesarstwo Rzymskie zakończyło się oficjalnie po tysiącletniej historii.