Gen podstawowy dla koloru sierści (B) Dla kolorów brązowych, czekoladowych, cynamonowych itp.,, może być maskowany przez gen dominujący dla koloru pomarańczowego (O), który znajduje się na chromosomie X i ma dwa allele, pomarańczowy (XO) i nie-pomarańczowy (Xo), które produkują pomarańczowe pigmenty phaeomelanina i czarny eumelanina, odpowiednio. (Uwaga: zazwyczaj X dla chromosomu przyjmuje się z kontekstu, a allele są określane przez wielką literę O dla pomarańczy, lub małą literę O dla nie-pomarańczy.) Koty szylkretowe i calico są wskazane: Oo, aby wskazać, że są heterozygotyczne w genie O., Geny (B) I (O) mogą być dalej modyfikowane przez recesywny gen rozcieńczony (dd), który zmiękcza kolory. Pomarańczowy staje się Kremowy, Czarny staje się szary itp. Różne terminy są używane dla określonych kolorów, na przykład szary jest również nazywany niebieskim, pomarańczowy jest również nazywany imbirem. Dlatego kot tortoiseshell może być tortoiseshell czekoladowy lub niebieski / kremowy tortoiseshell lub tym podobne, w oparciu o allele dla (B) I (D) genów.,
komórki samic kotów, które podobnie jak inne samice ssaków mają dwa chromosomy X (XX), ulegają zjawisku inaktywacji X, w którym jeden lub drugi chromosom X jest wyłączany losowo w każdej komórce w bardzo wczesnym rozwoju. Inaktywowany X staje się ciałem Barra. Komórki, w których chromosom przenoszący allel pomarańczowy (O) jest inaktywowany, wyrażają alternatywny allel nie-pomarańczowy (o), określony przez gen (B). Komórki, w których allel nie-pomarańczowy (o) jest inaktywowany, wyrażają allel pomarańczowy (o)., Geny pigmentowe ulegają ekspresji w melanocytach, które migrują na powierzchnię skóry w późniejszym okresie rozwoju. U dwukolorowych kotów żółwiowatych melanocyty pojawiają się stosunkowo wcześnie, a dwa typy komórek mieszają się, tworząc charakterystyczny pręgowany wygląd składający się z intymnej mieszaniny pomarańczowych i czarnych komórek, z sporadycznymi małymi rozproszonymi plamkami pomarańczowymi i czarnymi.
u kotów trójbarwnych calico osobny Gen wchodzi w interakcję rozwojową z genem koloru sierści., Ten gen plamienia wytwarza białe, niepigmentowane plamy opóźniając migrację melanocytów do powierzchni skóry. Istnieje wiele alleli tego genu, które wytwarzają większe lub mniejsze opóźnienia. Ilość bieli jest sztucznie podzielona na Mitrę, bicolor, harlequin i van, przechodząc od prawie bez bieli do prawie całkowicie białego. W skrajnym przypadku żadne melanocyty nie docierają do skóry, a kot jest całkowicie biały (ale nie albinos). W pośrednich przypadkach migracja melanocytów jest spowolniona, tak że komórki pigmentowe przybywają późno w rozwoju i mają mniej czasu na mieszanie się., Obserwacja kotów trójbarwnych pokaże, że z odrobiną białego koloru pomarańczowe i czarne plamy stają się bardziej zdefiniowane, a z jeszcze bardziej białymi, plamy stają się całkowicie wyraźne. Każdy plaster reprezentuje klon komórek pochodzących z jednej pierwotnej komórki we wczesnym zarodku.
kot samiec, podobnie jak samce innych ssaków teriańskich, ma tylko jeden chromosom X i jeden chromosom Y (XY). Chromosom X nie ulega inaktywacji X, a kolor sierści zależy od tego, jaki allel jest obecny na chromosomie X. W związku z tym sierść kota będzie całkowicie pomarańczowa lub nie-pomarańczowa., Bardzo rzadko (około 1 na 3000) rodzi się męski żółw lub Kaliko; zazwyczaj mają one dodatkowy chromosom X (XXY), stan znany u ludzi jako zespół Klinefeltera, a ich komórki przechodzą proces inaktywacji X, podobnie jak u kobiet. Podobnie jak u ludzi, te koty często są sterylne z powodu nierównowagi w chromosomach płciowych., Niektóre samce kalekiego lub żółwia mogą być chimerami, które wynikają z fuzji we wczesnym rozwoju dwóch (bliźniaczych) embrionów o różnych genotypach koloru; te tortie mogą przekazać tylko jeden kolor potomstwu, a nie obu, zgodnie z którym z dwóch oryginalnych embrionów pochodzą jego jądra. Inne to mozaiki, w których stan XXY powstaje po zapłodnieniu, a kot jest mieszaniną komórek o różnej liczbie chromosomów X.