rdzenni mieszkańcy Meksyku zostali zepchnięci na margines od czasu kolonizacji regionu przez Hiszpanię w 1519 roku. Choroby, zniewolenie i wyzysk dotknęły i zdewastowały wiele rdzennych społeczności amerykańskich, a skutki kolonizacji nadal dotykały rdzennych społeczności meksykańskich. Rdzenni mieszkańcy stanowią 15% populacji Meksyku, a w 2011 roku ludność demograficzna stanowiła również większość 18% ludności Meksyku żyjącej z brakiem bezpieczeństwa żywnościowego., Najbardziej na południe wysunięty Meksyk stanu Chiapas posiada około 13% całej rdzennej ludności kraju, a także ma drugi najwyższy wskaźnik ubóstwa po stanie Guerrero. Około połowa rdzennej ludności Chiapas nie odnotowała żadnych dochodów w spisie z 2010 roku, a kolejne 42% osób zarabiało mniej niż 5 dolarów dziennie. Ludność tubylcza w stanie została również dotknięta niedożywieniem, a także ograniczonym dostępem do usług zdrowotnych i edukacyjnych., Ucisk gospodarczy był również widoczny w 1950 roku, kiedy rdzenni mieszkańcy nie mogli wejść do granic miasta San Cristobal i zamiast tego musieli sprzedawać niektóre z ich przedmiotów pośrednikom o wartości znacznie niższej niż faktyczna wartość przedmiotów.
po masakrze w Tlatelolco, meksykański rząd nadal tłumił przypadki politycznej mobilizacji i organizacji społecznej w ramach tak zwanej brudnej wojny. Pomimo groźby prześladowań ze strony rządu, organizacje campesino oraz małe grupy zbrojne zaczęły tworzyć się w Chiapas w latach 70., W wysiłkach na rzecz stłumienia tubylczego oporu w regionie, właściciele farm i ziemi stworzyli paramilitarne siły sponsorowane przez rząd meksykański, mające na celu gwałtowne odwzajemnienie się potencjalnemu Tubylczemu buntownikowi. W tym samym czasie wiele rdzennych osób znanych jako guerrilleros utworzyło małe zbrojne grupy bojowników w odpowiedzi na prześladowania, z których jedną stała się EZLN.,
Carlos Salinas został wybrany prezydentem Meksyku w 1988 roku i chociaż obiecał wykorzystać fundusze rządowe, aby pomóc biednym państwom, takim jak Chiapas, mieszkańcy nigdy nie widzieli pieniędzy kontrolowanych przez instytucjonalną partię rewolucyjną. Katalizatorem decyzji EZLN o buncie była rewizja art. 27 w rewolucyjnej konstytucji Meksyku z 1917 roku. Zgodnie z art. 27 rodzime grunty komunalne lub ejidos były chronione przed sprzedażą lub prywatyzacją. Wraz z usunięciem artykułu 27 rdzenni rolnicy obawiali się utraty pozostałych ziem i taniego importu z USA., W roku poprzedzającym powstanie EZLN wyznaczył Subcomandante Marcos (po angielsku „Subcommander”) jako ideologicznego przywódcę powstania, a także planował wypowiedzenie wojny stanowi meksykańskiemu. Marcos był wyjątkowy w swoim przywództwie, ponieważ w przeciwieństwie do większości uczestników powstania, jego pochodzenie etniczne było mestizo zamiast rdzennym. EZLN wypowiedział wojnę meksykańskiemu państwu 1 stycznia 1994 roku w proteście przeciwko wdrożeniu nafty.