clasele IMGT ale celor 20 de aminoacizi comuni
IMGT ‘Fizico-chimice’ clase din cele 20 de comune aminoacizi
Unsprezece IMGT ‘Fizico-chimice’ clase din cele 20 de comune aminoacizi au fost definită de proprietățile fizico-chimice ale acestora lanțuri laterale (Figura 1) .,
aceste clase standardizate sunt utilizate în bazele de date și instrumentele IMGT®, pentru descrierea modificărilor clasei de aminoacizi în mutații și inginerie proteică.
Figura 1: cele 11 clase „fizico-chimice” IMGT ale celor 20 de aminoacizi comuni .,
‘Hydropathy’
| I | V | L | F | C | M | A | W (1) | G | T | S | Y | P | H | N | D | Q | E | K | R |
| 4.5 | 4.2 | 3.8 | 2.8 | 2.5 | 1.9 | 1.8 | -0.,9 | -0.4 | -0.7 | -0.8 | -1.3 | -1.6 | -3.2 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.9 | -4.,5 |
| HIDROFOBE | NEUTRU | HIDROFILE | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Aminoacizi sunt ordonate de la cele mai hidrofobe unul, Izoleucina (eu, pe partea stângă) la cele mai hidrofile unul, Arginina (R, pe partea dreaptă), potrivit Kyte-Doolitle scară .(1) triptofanul, în ciuda valorii sale de -0.9 în scara Kyte-Doolittle, a fost clasificat în clasa IMGT „hidrofobă”, deoarece participă la nucleul hidrofob al domeniilor structurale.,
„volum”
aminoacizii sunt ordonați de la cel mai mic (G) la cel mai mare (W).
„chimic”
„Încărcare”
gruparea sulfhidril a cisteinei și gruparea fenolică hidroxil a tirozinei prezintă un anumit grad de ionizare dependentă de pH.
„atomi donatori sau acceptori de hidrogen”
există 4 clase IMGT „atomi donatori sau acceptori de hidrogen”. Aminoacizii din fiecare clasă sunt în ordinea tabelului 2:
- donator (R, K, W).
- Acceptor (D, E).
- donator și acceptor (n, Q, H, S, T, Y).
- nici unul (A, C, G, I, L, M, F,P, V).,