Harpers Ferry a fost stabilit pentru prima dată în 1732 de Peter Stephens, ale cărui „drepturi de squatter” au fost cumpărate în 1747 de Robert Harper, pentru care orașul a fost numit. În aproximativ 1750 Harper a primit un brevet pe 125 acri (0.5 km2) în locația actuală a orașului. În 1761 Harper a stabilit un feribot peste râul Potomac, făcând orașul un punct de plecare pentru coloniștii care se mută în Valea Shenandoah și mai departe spre vest. În 1763 Adunarea Generală Virginia a stabilit orașul ” Shenandoah Falls la Mr., Harper ‘ s Ferry.la 25 octombrie 1783, Thomas Jefferson a vizitat Harpers Ferry. El a privit „trecerea Potomacului prin creasta albastră” dintr-o stâncă care este acum numită pentru el. Jefferson a numit site-ul ” poate una dintre cele mai uimitoare scene din natură.”
George Washington, în calitate de președinte al Patowmack Company (care a fost format pentru a finaliza râu îmbunătățiri pe Potomac și afluenții săi), a călătorit la Harpers Ferry în vara anului 1785 pentru a determina nevoie pentru a trece de canale., În 1794, familiarizarea Washingtonului cu zona l-a determinat să propună site-ul pentru o nouă armură și arsenal din Statele Unite. O parte din familia lui Washington sa mutat în zonă; Charles Washington, cel mai tânăr frate complet al președintelui, a fondat orașul Charles Town, la aproximativ șase mile spre sud-vest. Stră-stră-nepotul președintelui Washington, colonelul Lewis Washington, a fost ținut ostatic în timpul raidului lui John Brown în 1859.în 1796, guvernul federal a cumpărat o parcelă de teren de la moștenitorii lui Robert Harper, iar trei ani mai târziu, construcția a început pe arsenalul și arsenalul american de la Harpers Ferry., Între 1801 și 1861, când a fost distrusă pentru a împiedica capturarea în timpul Războiului Civil, Arsenalul a produs peste 600.000 de muschete, puști și pistoale. Industrializarea a continuat în anul 1833, când Chesapeake & Ohio Canal a ajuns la Harpers Ferry, legând-o cu Washington, d. c. UN an mai târziu, Baltimore & Ohio Railroad a început serviciul de tren prin oras.la 16 octombrie 1859, aboliționistul Radical John Brown a condus un grup de 21 de oameni într-un raid asupra arsenalului., Brown și oamenii săi au atacat și capturat mai multe clădiri; el spera să folosească armele capturate pentru a iniția o revoltă de sclavi în tot Sudul. Oamenii lui John Brown au fost repede prinși de cetățeni și miliții locali și forțați să se refugieze în casa motoarelor adiacentă armurii. Un contingent de marinari americani, condus de locotenentul colonel Robert E. Lee, au luat cu asalt casa motoarelor și au capturat majoritatea atacatorilor, ucigând câțiva și suferind singuri o singură victimă. Brown a fost judecat pentru trădare împotriva Commonwealth din Virginia, condamnat, și spânzurat în Charles Town., Raidul a fost un catalizator pentru Războiul Civil.războiul Civil a fost dezastruos pentru Harpers Ferry, care a schimbat mâinile de opt ori între 1861 și 1865. Când Virginia s-a separat în aprilie 1861, garnizoana SUA a încercat să ardă arsenalul și să distrugă mașinile, pentru a împiedica confederații să-l folosească. Localnicii au salvat echipamentul, pe care armata confederată l-a transferat într-o locație mai sigură din capitala Richmond. Armata SUA nu a reînnoit producția de arme în Harpers Ferry.,după încheierea Războiului Civil, în 1867, Colegiul istoric Black Storer a fost fondat pe Camp Hill de Reverendul Nathan Cook Brackett. Alumni notabile includ jazz legenda Don Redman și primul președinte al Republicii Federale Nigeria, Nnamdi Azikiwe. Colegiul Storer închis în iunie 1955, iar campusul este acum parte a Harpers Ferry National Historical Park.pe 15 August 1906, mișcarea Niagara, condusă de autorul și savantul W. E. B. Du Bois și activistul politic William Monroe Trotter, a avut loc prima sa întâlnire pe pământ American în campusul Colegiului Storer., Adunarea de trei zile, care a avut loc pentru a asigura drepturile civile pentru afro-americani, a fost descrisă mai târziu de DuBois ca fiind „una dintre cele mai mari întâlniri pe care negrii americani le-au ținut vreodată.”În 1911, membrii Mișcării Niagara s-au alăturat altora pentru a forma Asociația Națională pentru Avansarea oamenilor de culoare, mai cunoscută sub numele de NAACP.în 1944, cea mai mare parte a orașului a devenit parte a Serviciului Parcului Național și este acum menținută ca Parcul istoric național Harpers Ferry., Toate zonele orașului care nu se află în parc sunt cuprinse în districtul istoric Harpers Ferry, recunoscut federal.