La întrebarea posibilă încrucișare între Neanderthalieni și oamenii moderni din punct de vedere anatomic (AMH) a fost cercetat încă de la începutul archaeogenetic studii din anii 1990. În 2006, nici o dovadă pentru încrucișării a fost încă găsit. În 2009, analiza a aproximativ o treime din genomul complet al individului Altai a fost încă raportată ca prezentând „niciun semn de amestec”., Varianta microcefalinei comune în afara Africii, care a fost sugerată a fi de origine neandertală și responsabilă de creșterea rapidă a creierului la om, nu a fost găsită în Neanderthalieni. Nici nu a fost o variantă MAPT foarte veche, care se găsește în primul rând la europeni.dovezile pozitive pentru amestec au fost publicate pentru prima dată în mai 2010. Materialul genetic moștenit de Neanderthal se găsește în toate populațiile non-africane și s-a raportat inițial că cuprinde 1 până la 4% din genom. Această fracțiune a fost ulterior rafinată la 1, 5 până la 2, 1 la sută.,se estimează că 20% din ADN-ul Neanderthal supraviețuiește în prezent la oamenii moderni.Genele umane moderne implicate în fabricarea keratinei, o componentă proteică a pielii, părului și unghiilor, au niveluri deosebit de ridicate de introgresie.De exemplu, aproximativ 66% dintre Asiatici de Est conțin o POUF23L varianta introgressed de Neanderthal, în timp ce 70% dintre Europeni dețin un introgressed alela de BNC2. Variantele de Neanderthal afectează riscul de a dezvolta mai multe boli, inclusiv lupus, ciroză biliară, boala Crohn, diabet de tip 2 și COVID-19 sever., De alela de MC1R, care a fost inițial legată de părul roșu în Neanderthalienii nu este găsită în Europenilor, dar este prezent în Taiwan Aborigenii la o frecvență de 70% și la moderat frecvențe înalte în alte populații din Asia de Est; prin urmare, nu există de fapt nici o dovadă că oamenii de Neanderthal avea părul roșu., În timp ce încrucișării este privit ca cel mai econom interpretarea acestor genetice constatări, studiul din 2010 încă nu a putut concludent exclude un scenariu alternativ, în care sursa populația de non-Africană a omului modern a fost deja mai strâns legate de Neanderthal decât alte Africani au fost, din cauza genetice vechi diviziuni în Africa.,
Le Moustier craniul de Neanderthal reconstituire, Neues Museum din Berlin
Cercetare din 2010 a rafinat imagine a încrucișării între Neandertalieni, Denisovanii și din punct de vedere anatomic oamenii moderni.Încrucișarea pare să fi avut loc asimetric printre strămoșii oamenilor moderni, și că aceasta este o posibilă justificare pentru frecvențele diferite ale ADN-ului specific Neanderthal în genomul oamenilor moderni., În Vernot și Akey (2015) a concluzionat că relativ mai mare cantitate de Neanderthal specifice de ADN în genomul de persoane din Asia de Est coborâre (decât cele de origine Europeană) nu poate fi explicat prin diferențele în selecție. Ei sugerează în continuare că „încă două modele demografice, care implică fie un al doilea puls de Neandertale fluxul de gene în strămoșii Est-Asiatici sau o diluție de Neandertale linii în Europenilor prin amestec cu un necunoscut de rudenie populației” sunt parcimonioși cu datele lor., Au ajuns la concluzii similare Kim și Lohmueller (2015): „Acesta a fost emis ipoteza că cea mai mare proporție de Neandertale origine în Est Asiatici decât în Europeni se datorează faptului că purificarea de selecție este mai puțin eficient la eliminarea slab vătămătoare Neandertale alele de populații din Asia de Est. Folosind simulări de o gamă largă de modele de selecție și demografie, am arătat că această ipoteză nu poate cont de proporția mare de Neandertale origine în Est Asiatici decât la Europeni., În schimb, sunt necesare scenarii demografice mai complexe, care implică cel mai probabil mai multe impulsuri de amestec Neandertal, pentru a explica datele.”
Khrameeva și colab. (2014), o colaborare germano-ruso-chineză, a compilat un genom Neanderthal consens bazat pe genomul individului Altai și a trei indivizi Vindjia. Acest lucru a fost comparat cu un genom de cimpanzeu consensual ca outgroupand la genomul a unsprezece populații moderne (trei africane, trei din Asia de Est, trei Europene)., Dincolo de confirmarea semnificativ mai mare asemănare cu genomul de Neanderthal în non-Africani decât în Africanii, de asemenea, studiul a găsit o diferență în distribuția de Neanderthal-derivate-uri între Europeni și Asiatici de Est, sugerând recente evolutiv. Populațiile asiatice au prezentat clustering în grupuri funcționale legate de căile imune și hematopoietice,în timp ce europenii au prezentat clustering în grupuri funcționale legate de procesul catabolic lipidic.dovezi pentru amestecul de AMH la Neanderthal la aproximativ 100.000 de ani în urmăa fost prezentat de Kuhlwilm și colab. (2016).,au existat cel puțin trei episoade de încrucișare. Primul ar fi avut loc la scurt timp după ce unii oameni moderni au părăsit Africa. Al doilea ar fi avut loc după ce Melanesienii ancestrali s—au ramificat-acești oameni par să fi crescut ulterior cu Denisovani. Al treilea ar fi implicat doar Neanderthalienii și strămoșii Est-Asiatici.
Un studiu din 2016 a prezentat dovezi că bărbații Neanderthalieni ar fi putut să nu aibă descendenți viabili de sex masculin cu femele AMH.Acest lucru ar putea explica de ce niciun om modern până în prezent nu a fost găsit cu un cromozom Y Neanderthal.,un studiu din 2018 a concluzionat că încrucișarea dintre Neanderthalieni și oamenii moderni a dus inițial la expunerea fiecărei specii la viruși necunoscuți. Mai târziu, schimbul de gene a acordat rezistență și la aceste virusuri.la 3 iulie 2020, oamenii de știință au raportat că un factor de risc genetic major al virusului Covid-19 a fost moștenit de la neandertalienii arhaici acum 60.000 de ani. Se estimează că 16% dintre europeni și 50% dintre Sud-asiatici au secvența particulară pe cromozomul III, 63% dintre Bangladeshii având aceste secvențe genetice., Africanii, Orientul Mijlociu și asiaticii de Est au raportat prezența cromozomului în cantități foarte neglijabile.