indigenii au fost marginalizați în Mexic de când Spania a colonizat regiunea în 1519. Boala, înrobirea și exploatarea au afectat și devastat multe comunități indigene americane, iar efectele colonizării au continuat să afecteze comunitățile indigene mexicane. Indigenii reprezintă 15% din populația Mexicului, iar în 2011, demografia a constituit, de asemenea, majoritatea celor 18% din populația Mexicului care trăiește cu insecuritate alimentară., Cel mai sudic stat din Mexic, Chiapas, deține aproximativ 13% din întreaga populație indigenă a țării și are, de asemenea, a doua cea mai mare rată a sărăciei după statul Guerrero. Aproximativ jumătate din populația indigenă din Chiapas nu a raportat niciun venit în recensământul din 2010, cu un alt 42% dintre persoanele care câștigă mai puțin de 5 dolari pe zi. Persoanele indigene din stat au fost, de asemenea, afectate de malnutriție, precum și de accesul restricționat la serviciile de sănătate și educație., Opresiunea economică a fost vizibilă și în anii 1950, când indigenii au fost împiedicați să intre în limitele orașului San Cristobal și, în schimb, au fost nevoiți să vândă unele dintre articolele lor intermediarilor la valori mult mai mici decât valoarea reală a articolelor.
după masacrul de la Tlatelolco, guvernul Mexican a continuat să suprime cazurile de mobilizare politică și organizare socială ca parte a ceea ce este cunoscut sub numele de Războiul murdar. În ciuda amenințării persecuției guvernamentale, organizațiile campesino, precum și grupurile armate mici au început să se formeze în Chiapas în anii 1970., În eforturile de a suprima rezistența indigenă din regiune, proprietarii de ferme și terenuri au creat forțe paramilitare sponsorizate de guvernul Mexican, menite să facă reciproc violent împotriva unei potențiale sfidări indigene. În același timp, mulți indivizi indigeni cunoscuți sub numele de guerrilleros au format mici grupuri militante armate ca răspuns la persecuție, dintre care unul a devenit EZLN.,Carlos Salinas a fost ales președinte al Mexicului în 1988, și în timp ce el a promis să utilizeze fonduri guvernamentale pentru a ajuta statele sărace precum Chiapas, locuitorii nu au văzut niciodată banii controlați de Partidul Revoluționar instituțional. Catalizatorul deciziei EZLN de a se revolta a fost revizuirea din 1991 a articolului 27 din Constituția revoluționară din Mexic din 1917. În conformitate cu articolul 27, terenurile comunale Native sau ejidos au fost protejate de vânzare sau privatizare. Odată cu eliminarea articolului 27, fermierii autohtoni s-au temut de pierderea terenurilor rămase și de importurile ieftine din SUA., În anul dinaintea rebeliunii, EZLN l-a desemnat pe Subcomandantul Marcos (în engleză „Subcomandant”) ca lider ideologic al revoltei și, de asemenea, a făcut planuri de a declara război statului Mexic. Marcos a fost unic în conducerea sa, deoarece, spre deosebire de majoritatea participanților la revoltă, etnia lui era mestizo în loc de indigeni. EZLN a declarat război statului Mexican la 1 ianuarie 1994 pentru a protesta împotriva implementării NAFTA.