genei pentru arnr 16S de secvențiere este frecvent utilizat pentru identificarea, clasificarea și cuantificarea de microbi în cadrul biologice complexe amestecuri cum ar fi probe de mediu (ex apă marină) și intestin probe (ex human microbiome intestin)., Gena ARNr 16S este o componentă extrem de conservată a mecanismului transcripțional al tuturor formelor de viață bazate pe ADN și, prin urmare, este foarte potrivită ca genă țintă pentru secvențierea ADN-ului în probe care conțin până la mii de specii diferite. Primerii universali PCR pot fi proiectați pentru a viza regiunile conservate de 16S, făcând posibilă amplificarea genei într-o gamă largă de microorganisme diferite dintr-o singură probă. În mod convenabil, gena rRNA 16S constă atât din regiuni conservate, cât și din regiuni variabile (Fig. 1)., În timp ce regiunea conservată face posibilă amplificarea universală, secvențierea regiunilor variabile permite discriminarea între diferite microorganisme specifice, cum ar fi bacteriile, archaea și eucarya microbiană. Identificarea de virusuri necesită metagenomic de secvențiere (direct de secvențiere a ADN-ul total extras dintr-o comunitate microbiană) din cauza lipsei lor de filogenetice markerul de gene 16S.
Fig 1 – Aproximativ 1.5 kb genei pentru arnr 16S de E. coli care arată nouă variabilă regiuni care fac o țintă ideală ca gene marker filogenetic.,inițial, studiile asupra probelor de mediu au necesitat cultivarea și izolarea speciilor pentru identificare, un proces laborios și consumator de timp. Cu toate acestea, cuplarea 16S rRNA PCR cu secvențiere de generație următoare a permis studiul multor probe la costuri reduse. Devreme pentru arnr 16S de secvențiere studii au găsit deja mai multe secvențe care nu fac parte din nici cunoscut speciilor cultivate, indicând faptul că există numeroase non-izolate genetic și cultivarea bazate pe metode găsi doar un mic procent din bacteriene și archaeal specii într-o probă., În plus, cu multiplexarea multor probe și adâncimea mare de acoperire oferită de platformele de astăzi de ultimă generație, putem analiza acum mostre din serii de timp cuprinzătoare pentru a cuantifica dinamica comunității microbiene în multe site-uri sau pentru a produce hărți 3D detaliate ale comunităților microbiene, precum și pentru a explora dacă modificările speciilor rare sau abundente sunt asociate cu sănătatea
Fig 2 – gruparea de 5′ și 3′ citește din diferite probe de mediu arată că probele dintr-un anumit mediu de tip cluster bine împreună.,
Citește de secvențiere next-gen pot fi sablate împotriva baze de date curate, cum ar fi proiectul de baze de date ribozomale (RDP), GreenGenes, și SILVA pentru identificare și clasificare. Secvențele înrudite sunt „grupate” și numărul de reprezentanți ai fiecărui grup numărat. Grupurile de secvențe similare sunt denumite „unități taxonomice operaționale” (Otu). Valorile OTU sunt rezumate într-un tabel de abundențe relative pentru fiecare organism din fiecare probă., Până în prezent, mai multe conducte de analiză au fost dezvoltate pentru analiza datelor secvenței genei rRNA 16S și două conducte utilizate în mod obișnuit sunt QIIME și Mothur. QIIME ia utilizatorilor din prime de secvențiere de ieșire prin inițiale analize cum ar fi OTU cules, taxonomice misiune, și construirea de arbori filogenetici de la reprezentantul secvențe de OTUs, și prin aval statistice de analiză, vizualizare, și producția de publicare-grafică de calitate.,LC Sciences oferă un serviciu cuprinzător de secvențiere a genelor 16srrna pentru identificarea și clasificarea speciilor în probele microbiene. Vom folosi un dual zone (amplificat zone V3 + V4) 16S adnr fragment de amplificare strategie, secvență pe industria de lider Illuminati MiSeq platformă și oferă o vastă analiză a datelor, inclusiv: secvențierea date de ieșire statistici, secvență de grupări operaționale în unități taxonomice (OTU), diversitatea analiza, clasificarea speciilor și abundența de analiză.,recent, unul dintre clienții LC Sciences a folosit secvențierea genelor rRNA 16S pentru a studia propagarea microbiană a aerului în zonele poluate în care condițiile meteorologice nefavorabile provoacă o dublă poluare a prafului și a smogului.