Die meisten Menschen mit einem gesunden Immunsystem erholen sich ohne Behandlung. Durchfall kann durch viel Trinken von Flüssigkeiten behandelt werden, um Austrocknung zu verhindern. Menschen, die bei schlechter Gesundheit sind oder das Immunsystem geschwächt haben, haben ein höheres Risiko für schwerere und längere Krankheiten. Kleine Kinder und schwangere Frauen sind möglicherweise anfälliger für Austrocknung aufgrund von Durchfall und sollten während der Krankheit viel Flüssigkeit trinken. Schneller Flüssigkeitsverlust durch Durchfall kann für Babys besonders lebensbedrohlich sein., Daher sollten Eltern mit ihren Gesundheitsdienstleistern über Möglichkeiten der Flüssigkeitsersatztherapie für Säuglinge sprechen.
Anti-Durchfall-Medikamente können helfen, Durchfall zu verlangsamen, aber ein Arzt sollte konsultiert werden, bevor ein solches Arzneimittel eingenommen wird. Nitazoxanid wurde von der FDA zur Behandlung von durch Cryptosporidium verursachtem Durchfall bei Menschen mit gesundem Immunsystem zugelassen und ist auf Rezept erhältlich. Die Wirksamkeit von Nitazoxanid bei immunsupprimierten Personen ist jedoch unklar.,
HIV-positive Personen, die den Verdacht auf eine Kryptosporidiose haben, sollten sich an ihren Arzt wenden. Bei Personen mit HIV / AIDS verringert oder beseitigt eine antiretrovirale Therapie, die den Immunstatus verbessert, auch die Symptome einer Kryptosporidiose. Selbst wenn die Symptome verschwinden, ist die Kryptosporidiose oft nicht heilbar und die Symptome können zurückkehren, wenn sich der Immunstatus verschlechtert.