Harpers Ferry bylo nejprve se usadil v roce 1732 Peter Stephens, jehož „squatter práva“ byly zakoupeny v roce 1747 Robert Harper, pro které bylo město pojmenováno. V asi 1750 Harper dostal patent na 125 akrů (0.5 km2) v současné lokalitě města. V roce 1761 Harper založil trajekt přes řeku Potomac, takže město výchozím bodem pro osadníky pohybující se do údolí Shenandoah a dále na západ. V roce 1763 ustavilo Valné shromáždění Virginie město “ Shenandoah Falls at Mr., Harperův trajekt.“
dne 25. října 1783 navštívil Thomas Jefferson Harpers Ferry. Viděl „průchod Potomac ačkoli Blue Ridge“ ze skály, která je nyní pojmenována pro něj. Jefferson nazval místo “ možná jednou z nejúžasnějších scén v přírodě.“
George Washington, jako prezident Patowmack Company (která byla vytvořena k dokončení řeky vylepšení na Potomacu a její přítoky), cestoval do Harpers Ferry v létě 1785 určit, že je třeba pro bypass kanály., V roce 1794 ho obeznámenost Washingtonu s touto oblastí vedla k tomu, aby navrhl místo pro novou zbrojnici Spojených států a arsenal. Někteří z rodiny Washingtonu se přestěhovali do oblasti; Charles Washington, nejmladší bratr prezidenta, založil město Charles Town, asi šest mil na jihozápad. Velký synovec prezidenta Washingtonu, plukovník Lewis Washington, byl držen jako rukojmí během nájezdu Johna Browna v roce 1859.
v roce 1796 federální vláda koupila pozemek od dědiců Roberta Harpera a o tři roky později začala výstavba americké zbrojnice a arzenálu na Harpers Ferry., Mezi 1801 a roku 1861, kdy byla zničena, aby se zabránilo zachycení během Občanské Války, zbrojnice vyrábí více než 600 000 mušket, pušek a pistolí. Industrializace pokračovala v roce 1833, kdy Chesapeake & Ohio Canal dosáhl Harpers Ferry, spojovat to s Washington, d. c. O rok později, Baltimore & Ohio Železnice začala vlakové dopravy přes město.
dne 16. Října 1859 vedl radikální abolicionista John Brown skupinu 21 mužů při nájezdu na arzenál., Brown a jeho muži zaútočili a zajali několik budov; doufal, že použije zachycené zbraně k zahájení povstání otroků po celém Jihu. Muži Johna Browna byli rychle připoutáni místními občany a milicemi a nuceni se uchýlit do motorového domu sousedícího se zbrojnicí. Kontingent amerických mariňáků, vedený tehdejším podplukovníkem Robertem e. Leem, zaútočil na motorový dům a zachytil většinu nájezdníků, zabil několik a sám utrpěl jednu oběť. Brown byl souzen za velezradu proti Virginskému Společenství, odsouzen a oběšen v Charles Town., Nájezd byl katalyzátorem občanské války.
občanská válka byla katastrofální pro Harpers Ferry, který změnil ruce osmkrát mezi 1861 a 1865. Když se Virginie v dubnu 1861 odtrhla, Americká posádka se pokusila vypálit arzenál a zničit stroje, aby zabránila Konfederátům v jeho používání. Místní obyvatelé zachránili vybavení, které konfederační armáda převedla na bezpečnější místo v hlavním městě Richmondu. Americká armáda nikdy neobnovila výrobu zbraní v Harpers Ferry.,
Po skončení Občanské Války, v roce 1867, historicky černá Skladovatel College byla založena na Camp Hill Reverend Nathan Vařit Brackett. Pozoruhodné absoloventky zahrnují jazzová legenda Don Redman a první Prezident Spolkové Republiky Nigérie, Nnamdi Azikiwe. Storer College uzavřen v červnu 1955, a areál je nyní součástí Harpers Ferry National Historical Park.
Dne 15. srpna 1906, Niagarské Hnutí, vedené autor a vědec W. E. B. Du Bois a politický aktivista William Monroe Trotter, se konalo první setkání na Americké půdě v areálu Skladovatel College., Třídenní setkání, které se konalo na zajištění občanských práv pro afroameričany, byl později popsal DuBois jako „jeden z největších setkání, že Američtí Černoši kdy držel.“V roce 1911 se členové hnutí Niagara spojili s ostatními, aby vytvořili národní sdružení pro rozvoj barevných lidí, lépe známých jako NAACP.
v roce 1944 se většina města stala součástí správy národního parku a nyní je udržována jako Národní historický Park Harpers Ferry., Všechny oblasti města, které nejsou v parku, jsou obsaženy v federálně uznávané Harpers Ferry Historic District.