imgt třídy 20 běžných aminokyselin
IMGT ‚Fyzikálně-chemických tříd z 20 běžných aminokyselin
Jedenáct IMGT ‚Fyzikálně-chemických tříd z 20 běžných aminokyselin byly definovány fyzikálně-chemické vlastnosti jejich straně řetězy (Obrázek 1) .,
tyto standardizované třídy se používají v databázích a nástrojích IMGT® pro popis změn třídy aminokyselin v mutacích a proteinovém inženýrství.
Obrázek 1: 11 Imgt „fyzikálně-chemických“ tříd 20 běžných aminokyselin .,
‚Hydropathy‘
| I | V | L | F | C | M | A | W (1) | G | T | S | Y | P | H | N | D | Q | E | K | R |
| 4.5 | 4.2 | 3.8 | 2.8 | 2.5 | 1.9 | 1.8 | -0.,9 | -0.4 | -0.7 | -0.8 | -1.3 | -1.6 | -3.2 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.9 | -4.,5 |
| HYDROFOBNÍ | NEUTRÁLNÍ | HYDROFILNÍ | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Aminokyseliny jsou seřazeny od nejvíce hydrofobní, Isoleucin (I na levé straně) se nejvíce hydrofilní, Arginin (R, na pravé straně), podle Draku-Doolitle měřítku .
(1) Tryptofan, přes jeho hodnota -0,9 v Draku-Doolittle měřítku, byl klasifikován v IMGT ‚hydrofobní‘ class, jak se podílí na hydrofobní jádro strukturálních domén.,
‚Volume‘
aminokyseliny jsou řazeny od nejmenšího (G) po největší (W).
„Chemické“
„Obvinění“
sulfhydrylové skupiny cystein a fenolické hydroxylové skupiny tyrosinu ukázat určitý stupeň pH-dependentní ionizace.
„vodíkové donorové nebo akceptorové atomy“
existují 4 třídy IMGT „vodíkových dárců nebo akceptorových atomů“. Aminokyseliny v každé třídě jsou v pořadí podle tabulky 2:
- dárce (R, K, W).
- akceptor (D, E).
- dárce a akceptor (N, Q, H, S, T, Y).
- Žádný (A, C, G, I, L, M, F,P, V).,