Na míru se ukázala být krátký-žil, nicméně, na konci roku 1798 nové koalice zaměřená proti Francii vznikla (Válka Druhé Koalice, 1798-1802). Tentokrát Prusko zůstalo neutrální. Frederick William III, svědomitý a skromný, ale neúčinný vládce, byl pozoruhodný spíše soukromou morálkou než politickou dovedností. Vláda v Berlíně se pohybovala sem a tam, fušovala do drobných ekonomických a administrativních reforem, aniž by výrazně zlepšila strukturu státu., Deset let neutrality bylo přerušeno, zatímco velitelé armády spočívali na vavřínech Fredericka Velikého. Rakousko, na druhé straně, hrálo stejnou vedoucí roli ve válce druhé koalice, jakou to dělalo ve válce první koalice, se stejným nešťastným výsledkem. Francouzské vítězství v Marengu (14. června 1800) a Hohenlinden (3. prosince 1800) donutil Císaře Františka II., aby se dohodly na Smlouvy z Lunéville (9. února 1801), který potvrdil postoupení Porýní., Více než to, ti vládci, kteří ztratili svůj majetek na levém břehu za podmínek míru, měli získat náhradu jinde v říši. Aby bylo možné provést toto přerozdělení území, Císařská strava svěřila výboru knížat, Reichsdeputation, s úkolem nakreslit novou mapu Německa. Velký vliv na jeho jednání však měla Francie. Napoleon se rozhodl využít vypořádání územních nároků, aby zásadně změnil strukturu Svaté říše římské., Výsledkem bylo, že poslední přestávka (Hauptschluss) Reichsdeputace z února 1803 znamenala konec starého řádu v Německu. Ve snaze vytvořit řetězec satelitních států východně od Rýna francouzští diplomaté přinesli odstranění nejmenších a nejméně životaschopných politických složek Německa. Tím také podporovali proces národní konsolidace, protože roztříštěnost občanské autority v říši byla základem specifičnosti. To, že Napoleon neměl v úmyslu podporovat jednotu mezi svými sousedy, je samozřejmé., Přesto nevědomky připravil cestu pro proces centralizace v Německu, který pomohl zmařit jeho vlastní plány na budoucí aggrandizement Francie.
hlavními oběťmi závěrečné přestávky byla svobodná města, císařští rytíři a církevní území. Spadly o desítky. Příliš slabí na to, aby byli užitečnými spojenci Napoleona, byli zničeni ambicemi svých francouzských dobyvatelů a chamtivostí svých německých sousedů., Stále se mohli pochlubit svou dávnou historií jako suverénní členové Svaté římské říše, ale jejich pokračující existence se stala neslučitelnou s efektivní vládou v Německu. Hlavními dědici jejich hospodářství byly větší sekundární státy. Jistě, Napoleon nemohl zabránit Rakousku a Prusku v tom, aby v obecném boji o území, které pomohli, uskutečnily nějaké zisky. Ale on pracoval, aby aggrandize těch německých vládců, většina z nich na jihu, kteří byli dostatečně silná, aby být cenné vazaly, ale není dost silný, aby být potenciální hrozby., Bavorsko, Württemberg, Baden, Hesse-Darmstadt a Nassau byly velkými vítězi v soutěži o kořist, která byla hlavním předmětem jednání. Napoleonova strategie byla v klasické tradici francouzské diplomacie, tradici Richelieu a Mazarina. Princové byli postaveni proti císaři, aby zvýšili roli, kterou by Paříž mohla hrát v záležitostech německých států. Přesto se němečtí knížata neradi používali jako pěšáci v politické hře na podporu zájmů cizí moci., Jakékoli námitky vznesené proti vypořádání roku 1803 byly založeny na účelnosti a oportunismu. Nejzávažnějším obviněním starého řádu bylo, že v hodině jeho bezprostředního kolapsu se nikdo z vládců nepokusil bránit ve jménu obecného blaha Německa.
Poslední přestávka byla dalším posledním činem na podzim Svaté říše římské. Konec přišel o tři roky později. V roce 1805 se Rakousko připojilo k třetí koalici velmocí, která se rozhodla snížit převahu Francie (což vedlo k válce třetí koalice, 1805-07)., Výsledek této války byl ještě katastrofálnější než výsledek válek první a druhé koalice. Napoleon nucen hlavní Habsburské armády v Německu kapitulaci u Ulmu (17. října 1805), pak sestoupil na Vídeň, zaujímá hrdé hlavní město jeho nepřítelem; a nakonec mu zasadil drtivou porážku (2. prosince 1805) v kombinaci ruské a Rakouské armády u Slavkova na Moravě (nyní v české Republice)., Před rokem byl František II. nucen podepsat ponižující Smlouvu z Pressburgu (26.prosince), která ukončila dominantní roli, kterou jeho dynastie hrála v záležitostech Německa. Svůj majetek musel v Západním Německu odevzdat Württembersku a Bádensku a provincii Tirol Bavorsku. Napoleonova strategie hrát knížecí proti císařským ambicím se ukázala jako skvělý úspěch. Vládci sekundárních států na jihu ho podporovali ve válce proti Rakousku a v míru, který následoval, byli bohatě odměněni., Nejenže se podíleli na kořisti zabavené Habsburkům, ale také jim bylo dovoleno absorbovat zbývající svobodná města, drobné knížectví a církevní území. Konečně, prosazování práva plnou suverenitu, vládci Bavorska a Württemberska přijal titul krále, zatímco vládci Bádensko a Hesensko-Darmstadtsko spokojili se skromnější hodnost velkovévody., Poslední zbytky císařské ústavy byly nyní zničeny a Německo bylo připraveno na novou formu politické organizace odrážející mocenské vztahy vytvořené silou zbraní.
V létě roku 1806, 16 sekundární států, podporovat a šťouchl do Paříže, oznámil, že oni byli vytvoření samostatné asociace se známou jako Konfederace Rýna., Arcibiskup Karl Theodor von Dalberg byl předsedat nové unie jako „princ primát,“ zatímco další jednání mezi členy bylo založit vysokou školu králové a vysokou školu princů, jak časté legislativní orgány. Dokonce se mluvilo o“ základním statutu“, který by sloužil jako ústava omlazeného Německa. Přesto všechny tyto statečné plány nebyly nikdy víc než fasádou tvrdé reality mimozemské hegemonie v Německu., Napoleon byl prohlášen „ochráncem“ Konfederace Rýna, a trvalé aliance mezi členskými státy a francouzské Impérium povinen bývalého k udržení značné vojenské síly za účelem vzájemné obrany. Není pochyb o tom, čí zájmy by tyto jednotky sloužily. Od druhotných vládců Německa se očekávalo, že vzdají hezký Hold Paříži za jejich nově získanou podvodnou suverenitu., 1. srpna konfederaci států, prohlásil, že jejich odtržení od říše, a o týden později, 6. srpna 1806, Františka II. oznámil, že byl, kterým se stanoví císařské koruny. Svatá římská říše tak po tisícileté historii oficiálně skončila.