většina lidí, kteří mají zdravý imunitní systém, se zotaví bez léčby. Průjem lze zvládnout pitím velkého množství tekutin, aby se zabránilo dehydrataci. Lidé, kteří jsou ve špatném zdravotním stavu nebo kteří mají oslabený imunitní systém, jsou vystaveni vyššímu riziku závažnějšího a prodlouženého onemocnění. Malé děti a těhotné ženy mohou být náchylnější k dehydrataci v důsledku průjmu a měly by pít hodně tekutin, když jsou nemocné. Rychlá ztráta tekutin z průjmu může být zvláště život ohrožující pro děti., Rodiče by proto měli mluvit se svými poskytovateli zdravotní péče o možnostech náhradní terapie tekutin pro kojence.
Anti-diarrheal medicine může pomoci zpomalit průjem, ale poskytovatel zdravotní péče by měl být konzultován před podáním tohoto léku. Nitazoxanide byl schválen FDA pro léčbu průjmu způsobené Cryptosporidium u lidí s zdravý imunitní systém a je k dispozici na předpis. Účinnost nitazoxanidu u imunosupresivních jedinců je však nejasná.,
HIV pozitivní jedinci, kteří mají podezření, že mají kryptosporidiózu, by se měli obrátit na svého poskytovatele zdravotní péče. U osob s HIV/AIDS antiretrovirová terapie, která zlepšuje imunitní stav, také sníží nebo odstraní příznaky kryptosporidiózy. Nicméně, i když příznaky zmizí, kryptosporidióza často není léčitelná a příznaky se mohou vrátit, pokud se imunitní stav zhorší.