St. John O ‚ Sullivan byl pověřen vedením mise v roce 1910, kdy jeho komunita byla rozptýlena a její budovy v troskách. Pustil se do přestavby farní obce i obnovy starých zařízení. Mise byla přiznána v roce 1918 jako misijní Kostel San Juan Capistrano. Kaple Serra, nejstarší stojící kostelní budova v Kalifornii a jediná existující budova, kde St., Junipero Serra je známo, že řekl mše, byl použit pro bohoslužby, jako původní kamenný kostel mise byla zničena při zemětřesení 1812.
v průběhu let bylo vynaloženo různé úsilí na obnovu kostela, ale způsobilo pouze další škody. O ‚ Sullivan, který by sloužil jako pastor až do své smrti v roce 1933, si myslel, že postaví nový Farní kostel modelovaný na starém kamenném kostele, ale nikdy si neuvědomil svůj nápad. Moderní případ nového farního kostela převzal Fr. Paul Martin, který byl jmenován pastorem v roce 1976., Do této doby, oblast Katolická populace se značně rozrostla, a kaple Serra byla nedostatečná pro potřeby farnosti.
zvonice v soumraku
Fundraising začal v roce 1981, zahrnující zástavy disky a dary od mise návštěvníků. První mše v nové budově byla nabídnuta na Vánoce 1984, ale stavba by nebyla dokončena další dva roky., První mše v novém kostele byla oslavována 23. října 1986 a budova byla oficiálně věnována Timothy Cardinal Manning 8.února 1987.