otázka možného křížení mezi Neandrtálci a anatomicky moderní lidé (AMH) byl podíval do od počátku archaeogenetic studie z roku 1990. V roce 2006 žádný důkaz pro křížení byl dosud nalezen. V roce 2009 byla analýza asi jedné třetiny plného genomu jednotlivce Altai stále uváděna jako „žádné známky příměsi“., Varianta mikrocefalinu společného mimo Afriku, která byla navržena jako neandrtálského původu a zodpovědná za rychlý růst mozku u lidí, nebyla nalezena u neandrtálců. Nebyla ani velmi stará varianta MAPT, která se vyskytuje především u Evropanů.
pozitivní důkazy o příměsi byly poprvé zveřejněny v květnu 2010. Genetický materiál zděděný neandrtálcem se nachází ve všech Neafrických populacích a původně bylo hlášeno, že obsahuje 1 až 4 procenta genomu. Tato frakce byla později rafinována na 1,5 až 2,1 procenta.,
odhaduje se, že 20 procent NEANDRTÁLSKÉ DNA v současné době přežívá u moderních lidí.Moderní lidské geny podílející se na výrobě keratinu, proteinové složky kůže, vlasů a nehtů, mají zvláště vysokou úroveň introgrese.Například přibližně 66% Východoasijců obsahuje variantu POUF23L introgresovanou z neandrtálců, zatímco 70% Evropanů má introgresovanou alelu BNC2. Neandrtálské varianty ovlivňují riziko vzniku několika onemocnění, včetně lupusu, biliární cirhózy, Crohnovy choroby, diabetu 2.typu a těžkého COVID-19., Alela z MC1R, který byl původně spojen s červenými vlasy v Neandrtálců není nalezen v Evropany, ale je přítomen v Tchajwanských Domorodců při frekvenci 70% a při středně vysoké frekvence v dalších východoasijských populací; proto nemáme vlastně žádný důkaz, že Neandrtálci měli červené vlasy., Při křížení je vnímána jako nejvíce šetrný výklad těchto genetických zjištění, 2010 studie stále nelze přesvědčivě vyloučit alternativní scénář, ve kterém zdrojová populace non-Africké moderní lidé již více úzce souvisí s Neandrtálci než ostatní Afričané byli, protože starověké genetické divizí v Africe.,
Le Moustier Neandrtálského lebky rekonstituci, Neues Museum, Berlín
Výzkum od roku 2010 má rafinovaný obraz křížení mezi Neandrtálci, Denisované a anatomicky moderních lidí.Křížení se zdá, došlo asymetricky mezi předky moderního člověka, a že je to možné zdůvodnění pro rozdílné frekvence Neandrtálec-specifické DNA v genomu moderních lidí., V Vernot a i klíčem (2015) dospěl k závěru, že relativně větší množství Neandrtálec-specifické DNA v genomech jedinců východoasijského původu (než ty Evropského původu) nelze vysvětlit rozdíly ve výběru. Dále naznačují, že „další dva demografické modely, zahrnující buď druhý puls Neandrtálský gen proudit do předků z Východní asie nebo ředění Jejich linií v Evropany příměs s neznámým rodové populace“ jsou střídmá s jejich daty., Podobné závěry byly dosaženy tím, že Kim a Lohmueller (2015): „To bylo předpokládal, že větší podíl Jejich původ ve východních Asiatů než u Evropanů je vzhledem k tomu, že čištění výběr je méně efektivní při odstraňování slabě škodlivé Jejich alely z východoasijské populace. Pomocí simulace široké škály modelů, výběru a demografie, ukázali jsme, že tato hypotéza nemůže odpovídat za vyšší podíl Jejich původ ve východních Asiatů než u Evropanů., Namísto toho jsou pro vysvětlení dat vyžadovány složitější demografické scénáře, které s největší pravděpodobností zahrnují více impulzů neandertální příměsí.“
Khrameeva et al. (2014), Německo-Rusko-Čínská spolupráce, sestavila konsensuální neandrtálský genom založený na genomu jednotlivce Altai a tří jedinců Vindjia. To bylo srovnáno s genomem šimpanze jako outgroupand s genomem jedenácti moderních populací (tři africké, tři východoasijské, tři evropské)., Za potvrzuje výrazně vyšší podobnost k Neandrtálského genomu v non-Afričané, než u Afričanů, studie také founda rozdíl v distribuci Neandrtálec-odvozené stránky mezi Evropané a Východní Asiaté, což naznačuje, že nedávné evoluční tlaky. Asijské populace ukázala, shlukování funkčních skupin souvisejících s imunitní a hematopoetické cesty,zatímco Evropané ukázal shlukování funkčních skupin, které se týkají lipidů katabolický proces.
důkazy o AMH příměsi Neandrtálcům před zhruba 100 000 lety předložila Kuhlwilm et al. (2016).,
došlo k nejméně třem epizodám křížení. První by nastal brzy poté, co někteří moderní lidé opustili Afriku. Druhý by nastal poté, co se rodové Melanesians rozvětvili—zdá se, že tito lidé se poté chovali s Denisovany. Třetí by se týkal pouze neandrtálců a předků Východoasijců.
studie z roku 2016 předložila důkazy o tom, že neandrtálští samci nemuseli mít životaschopné samčí potomstvo se samicemi AMH.To by mohlo vysvětlit, proč dosud nebyl nalezen žádný moderní muž s chromozomem neandrtálského Y.,
studie z roku 2018 dospěla k závěru, že křížení mezi neandrtálci a moderními lidmi vedlo zpočátku k vystavení každého druhu neznámým virům. Později také výměna genů umožňovala rezistenci vůči těmto virům.
3. července 2020 vědci uvedli, že hlavní genetický rizikový faktor viru Covid-19 byl zděděn od archaických neandrtálců před 60 000 lety. Odhaduje se, že 16% Evropanů a 50% Jihoasijců má konkrétní sekvenci na chromozomu III, přičemž 63% Bangladéšanů má tyto genové sekvence., Afričané, blízkovýchodní obyvatelé a východní Asiaté hlásili přítomnost chromozomu ve velmi zanedbatelných množstvích.