první z dvacet jedna Kalifornie mise, Mission San Diego de Alcalá je pojmenované po 15. století svatý, Didacus Alcalá, více obyčejně známý jako Svatý Diego. Založil otec Junipero Serra 16. července 1769, je to tady, kde se španělský náboženský a politický sen začít Alta California mission chain poprvé stal realitou.,
Původně se nachází na kopci s výhledem na záliv, sucho v roce 1774 nuceni misi otcové se pohybovat Mission San Diego asi šest kilometrů do vnitrozemí, na své současné místo, blíže k San Diego River, získat přístup k více příznivé zemědělské půdy a místních Indiánských vesnic.
domorodí indiáni Tipai-Ipai byli odolní vůči kolonizaci a během několika týdnů po založení mise došlo k úmrtí jak Indiánů, tak misionářů., V roce 1775, nespokojený s pravidly a předpisy, stovky místních Tipai Indiáni napadli mise, což způsobuje velké škody na budově a zabít Otce, Jayme, který se měl stát Kalifornie je prvním Křesťanským Mučedníkem. Padres se obával dalšího náletu a přestavěl misi podle specifikací vojenské pevnosti.
jak počet obyvatel mise rostl, tak i potřeba většího kostela. Františkáni zaměstnán zednický mistr Miguel Blanco pro konstrukci budovy, což má za následek design považovány za staré módy i v době jeho dokončení., Kostel je vybaven nápadnými okny, postavenými vysoko pro ochranu před vetřelci a také pro zabránění jejich kolapsu pod tíhou stěn adobe. Když v roce 1811 praskla střecha,k přední části mise byly přidány velké opěrky. Tento přírůstek přišel právě včas-dodatečná podpora umožnila misi přežít zemětřesení v roce 1812.
jedním z nejvýraznějších rysů této mise je 46 stop vysoký campanario nebo zvonová zeď, která má pět zvonů. Největší z těchto bronzových zvonů se jmenuje Mater Dolorosa a váží neuvěřitelných 1 200 liber., Společné pro všechny mise, zvony sloužily řadě účelů: oznámili čas na mši, práce, jídla, a siestas. Samozřejmě také varovali před nebezpečím, vybízeli k uctění mrtvých, zvonili na oslavu míru a hlásali příchod hostů.
dědictví otce Junipero Serra zůstává na této jižní většině kalifornských misí. Postaven v roce 1774, La Casa de Padre Serra, je místo, kde mise idealista jednou spal. Předpokládá se, že tato místnost je jedinou původní místností, která přežila indické útoky a přírodní katastrofy.
vojenská minulost mise San Diego byla rušná., Americké vojenské okupace mise začala v roce 1846 a trvalo 16 let, než Prezident Abraham Lincoln podepsal prohlášení návratu mise do Katolické Církve v roce 1862.
dnes, kostel a novější kaple, La Capilla de San Bernardino, kombinovat sloužit jako náboženské centrum pro misi San Diego je stále velký a aktivní farnost.