Der Frieden erwies sich jedoch als kurzlebig, da Ende 1798 eine neue Koalition gegen Frankreich gebildet wurde (der Krieg der Zweiten Koalition, 1798-1802). Diesmal blieb Preußen neutral. Friedrich Wilhelm III., ein gewissenhafter und bescheidener, aber ineffektiver Herrscher, zeichnete sich eher durch private Moral als durch politische Fähigkeiten aus. Die Regierung in Berlin driftete hin und her und bemühte sich um kleinere Wirtschafts-und Verwaltungsreformen, ohne die Struktur des Staates erheblich zu verbessern., Ein Jahrzehnt der Neutralität wurde weggefegt, während die Armeekommandanten auf den Lorbeeren Friedrichs des Großen ruhten. Österreich hingegen spielte im Krieg der Zweiten Koalition die gleiche führende Rolle wie im Krieg der Ersten Koalition, mit dem gleichen unglücklichen Ergebnis. Juni 1800) und Hohenlinden (3.Dezember 1800) zwangen Kaiser Franz II., dem Vertrag von Lunéville (9. Februar 1801) zuzustimmen, der die Abtretung des Rheinlandes bestätigte., Darüber hinaus sollten jene Herrscher, die unter den Bedingungen des Friedens ihren Besitz am linken Ufer verloren hatten, anderswo im Reich entschädigt werden. Um diese Umverteilung des Territoriums durchzuführen, beauftragte die kaiserliche Diät ein Komitee der Fürsten, die Reichsdeputation, mit der Aufgabe, eine neue Karte von Deutschland zu zeichnen. Frankreich übte jedoch den größten Einfluss auf seine Beratungen aus. Napoleon hatte beschlossen, die Beilegung von Gebietsansprüchen zu nutzen, um die Struktur des Heiligen Römischen Reiches grundlegend zu verändern., Das Ergebnis war, dass die letzte Aussparung (Hauptschluss) der Reichsdeputation vom Februar 1803 das Ende der alten Ordnung in Deutschland markierte. In ihrem Versuch, eine Kette von Satellitenstaaten östlich des Rheins zu errichten, brachten die französischen Diplomaten die Beseitigung der kleinsten und am wenigsten lebensfähigen politischen Komponenten Deutschlands mit sich. Sie förderten damit auch den Prozess der nationalen Konsolidierung, da die Zersplitterung der bürgerlichen Autorität im Reich eine tragende Säule des Partikularismus gewesen war. Dass Napoleon nicht vorhatte, die Einheit unter seinen Nachbarn zu fördern, versteht sich von selbst., Er bereitete jedoch unwissentlich den Weg für einen Zentralisierungsprozess in Deutschland vor, der dazu beitrug, seine eigenen Pläne für die zukünftige Aggrandisierung Frankreichs zu vereiteln.
Die Hauptopfer der Letzten Aussparung waren die freien Städte, die kaiserlichen Ritter und die kirchlichen Gebiete. Sie fielen um die Dutzende. Zu schwach, um nützliche Verbündete Napoleons zu sein, wurden sie durch den Ehrgeiz ihrer französischen Eroberer und durch die Gier ihrer deutschen Nachbarn zerstört., Sie konnten sich immer noch ihrer alten Geschichte als souveräne Mitglieder des Heiligen Römischen Reiches rühmen, aber ihr Fortbestand war mit einer wirksamen Regierung in Deutschland unvereinbar geworden. Die Haupterben ihrer Bestände waren die größeren Sekundärstaaten. Sicher, Napoleon konnte Österreich und Preußen nicht davon abhalten, im allgemeinen Gerangel um Territorium, das sie ermöglicht hatten, einige Gewinne zu erzielen. Aber er arbeitete daran, die deutschen Herrscher, die meisten von ihnen im Süden, zu aggrandisieren, die stark genug waren, um wertvolle Vasallen zu sein, aber nicht stark genug, um potenzielle Bedrohungen zu sein., Bayern, Württemberg, Baden, Hessen-Darmstadt und Nassau waren die großen Gewinner des Wettbewerbs um die Beute, die das Hauptziel der Verhandlungen gewesen war. Napoleons Strategie war in der klassischen Tradition der französischen Diplomatie gewesen, der Tradition von Richelieu und Mazarin. Die Fürsten waren gegen den Kaiser ausgespielt worden, um die Rolle zu verstärken, die Paris in den Angelegenheiten der deutschen Staaten spielen konnte. Die deutschen Fürsten widersetzten sich jedoch nicht der Verwendung als Bauern in einem politischen Spiel, um die Interessen einer ausländischen Macht zu fördern., Alle Einwände, die sie gegen die Siedlung von 1803 erhoben, beruhten auf Zweckmäßigkeit und Opportunismus. Die schwerste Anklage gegen die alte Ordnung war, dass in der Stunde ihres bevorstehenden Zusammenbruchs keiner der Herrscher versuchte, sie im Namen des allgemeinen Wohlergehens Deutschlands zu verteidigen.
Der letzte Akt war der vorletzte Akt im Fall des Heiligen Römischen Reiches. Das Ende kam drei Jahre später. 1805 trat Österreich der dritten Koalition der Großmächte bei, die entschlossen war, das Übergewicht Frankreichs zu verringern (was zum Krieg der Dritten Koalition 1805-07 führte)., Der Ausgang dieses Krieges war noch katastrophaler als der der Kriege der ersten und zweiten Koalition. Oktober 1805); dann stieg er auf Wien ab und besetzte die stolze Hauptstadt seines Feindes; und schließlich fügte er der kombinierten russischen und österreichischen Armee in Austerlitz in Mähren (jetzt in der Tschechischen Republik) eine vernichtende Niederlage zu (2.Dezember 1805)., Dezember) den demütigenden Vertrag von Pressburg unterzeichnen, der die dominante Rolle beendete, die seine Dynastie in den Angelegenheiten Deutschlands gespielt hatte. Er musste seine Besitztümer in Westdeutschland Württemberg und Baden und die Provinz Tirol Bayern übergeben. Napoleons Strategie, fürstlich gegen imperiale Ambitionen zu spielen, hatte sich als brillanter Erfolg erwiesen. Die Herrscher der sekundären Staaten im Süden hatten ihn im Krieg gegen Österreich unterstützt, und im folgenden Frieden wurden sie reich belohnt., Sie waren nicht nur an der Beute der Habsburger beteiligt, sondern durften auch die verbleibenden freien Städte, Kleinfürstentümer und kirchlichen Gebiete aufnehmen. Schließlich behaupteten die Herrscher von Bayern und Württemberg die Rechte der vollen Souveränität und übernahmen den Titel eines Königs, während sich die Herrscher von Baden und Hessen-Darmstadt mit dem bescheideneren Rang eines Großherzogs begnügten., Die letzten Überreste der kaiserlichen Verfassung waren nun zerstört worden, und Deutschland war bereit für eine neue Form der politischen Organisation, die die durch die Waffengewalt geschaffenen Machtverhältnisse widerspiegelte.
Im Sommer 1806 gaben 16 der von Paris ermutigten und vorangetriebenen Sekundärstaaten bekannt, dass sie einen eigenen Verband bilden, der als Rheinbund bekannt ist., Erzbischof Karl Theodor von Dalberg sollte die neue Union als „Prinzenprimas“ leiten, während zukünftige Beratungen unter den Mitgliedern darin bestanden, ein Königskollegium und ein Fürstenkollegium als gemeinsame gesetzgebende Körperschaften einzurichten. Es war sogar von einem „Grundgesetz“ die Rede, das als Verfassung eines verjüngten Deutschland dienen würde. Doch all diese mutigen Pläne waren nie mehr als eine Fassade für die harte Realität der außerirdischen Hegemonie in Deutschland., Napoleon wurde zum „Beschützer“ der Rheinischen Konföderation ausgerufen, und ein ständiges Bündnis zwischen den Mitgliedstaaten und dem französischen Reich verpflichtete die ehemaligen, erhebliche Streitkräfte zum Zwecke der gegenseitigen Verteidigung aufrechtzuerhalten. Es könnte keinen Zweifel geben, wessen Interessen diese Truppen dienen würden. Es wurde erwartet, dass die sekundären Herrscher Deutschlands Paris für ihre neu erworbene Scheinhoheit einen schönen Tribut zollen würden., Am 1. August verkündeten die konföderierten Staaten ihre Abspaltung vom Reich, und eine Woche später, am 6.August 1806, gab Franziskus II. bekannt, dass er die Kaiserkrone niederlegen werde. Das Heilige Römische Reich ging damit nach einer tausendjährigen Geschichte offiziell zu Ende.