Agamenón reunió a las reacias fuerzas griegas para navegar hacia Troya. Preparándose para partir de Aulis, un puerto en Beocia, el ejército de Agamenón incurrió en la ira de la diosa Artemisa. Hay varias razones a lo largo del mito para tal ira: en la obra de Esquilo Agamenón, Artemisa está enojada por los jóvenes que morirán en Troya, mientras que en Sófocles Electra, Agamenón ha matado a un animal sagrado para Artemisa, y posteriormente se jactó de que era igual a Artemisa en la caza., Las desgracias, incluida una plaga y la falta de viento, impidieron que el ejército navegara. Finalmente, el profeta Calchas anunció que la ira de la diosa solo podía ser propiciada por el sacrificio de Ifigenia, la hija de Agamenón.,
Aquiles’ de rendición de Briseis de Agamenón, de la Casa del Poeta Trágico en Pompeya, fresco, siglo 1 dc, ahora en el Nápoles, Museo Arqueológico Nacional
Clásica dramatizaciones difieren en la voluntad de su padre o hija a este destino; algunas incluyen tal engaño como afirmando que ella se fue para casarse con Aquiles, pero Agamenón hizo finalmente el sacrificio de Ifigenia. Su muerte apaciguó a Artemisa, y el ejército griego partió hacia Troya., Varias alternativas al sacrificio humano han sido presentadas en la mitología griega. Otras fuentes, como Ifigenia en Aulis, dicen que Agamenón estaba preparado para matar a su hija, pero que Artemisa aceptó un ciervo en su lugar, y se la llevó a Tauris en la Península de Crimea. Hesíodo dijo que se convirtió en la diosa Hécate.
Agamenón fue el comandante en jefe de los griegos durante la Guerra de Troya. Durante la lucha, Agamenón mató a Antífo y a otros quince soldados troyanos, según una fuente., Pero en la Ilíada misma, se muestra que mata a cientos más en el libro 11 durante su aristea vagamente traducido a «día de gloria», que es el más similar a la aristea de Aquiles en el libro 21 (ambos son comparados con leones y fuegos destructivos en la batalla, sus manos son descritas como «salpicadas de sangre» e «invencibles», los troyanos huyen a las paredes, ambos son apelados por una de sus víctimas, ambos son evitados por Héctor, ambos son heridos en el brazo o la mano, y ambos matan al que los hirió)., Incluso antes de su aristea, Agamenón era considerado como uno de los tres mejores guerreros del lado griego, como se demuestra cuando Héctor desafía a cualquier campeón del lado griego para luchar contra él en el Libro 7, y Agamenón (junto con Diomedes y Ajax el mayor) es uno de los tres más deseados para enfrentarse a él de los nueve guerreros griegos más fuertes que se ofrecieron como voluntarios. Y después de reconciliarse, incluso Aquiles admite en el libro 23 que Agamenón es » el mejor en fuerza y en lanzar la lanza.,»Esa afirmación se prueba aún más por el hecho de que Agamenón fue el único guerrero importante de ambos lados que nunca necesitó la intervención directa de los dioses para aumentar su fuerza o darle ventajas injustas en la batalla y, sin embargo, causó una destrucción increíble casi en la escala de Aquiles.
La Ilíada cuenta la historia de la pelea entre Agamenón y Aquiles en el último año de la guerra. Después de una de las incursiones del Ejército aqueo, Criseis, hija de Crisés, uno de los sacerdotes de Apolo, fue tomada como premio de guerra por Agamenón., Chryses suplicó a Agamenón que liberara a su hija, pero fue recibido con poco éxito. Crisós entonces oró a Apolo por el regreso seguro de su hija, a lo que Apolo respondió desatando una plaga sobre el Ejército aqueo. Después de enterarse por el Profeta Calchas que la plaga podría disiparse devolviendo a Criseis a su padre, Agamenón aceptó a regañadientes (pero primero reprendió a Calchas por forzar previamente a Agamenón a sacrificar a su hija Ifigenia) y liberó su premio. Sin embargo, como compensación por su premio perdido, Agamenón exigió un nuevo premio., Robó un esclavo atractivo llamado Briseis, uno de los botines de la guerra, de Aquiles.
en respuesta a ser privado de Briseida, Aquiles se retiró de la batalla y puso a los ejércitos griegos en riesgo de perder la guerra. Agamenón, habiéndose dado cuenta de la importancia de Aquiles para ganar la guerra contra el Ejército de Troya, envió embajadores rogándole que regresara, ofreciéndole riquezas y la mano de su hija en matrimonio, pero Aquiles se negó, solo siendo estimulado de nuevo en acción cuando Patroclo fue asesinado en batalla por Héctor, hijo mayor del rey Príamo y la Reina Hécuba.,
aunque no es igual a Aquiles en valentía, Agamenón era un representante de la»autoridad real». Como comandante en jefe, convocó a los príncipes al Consejo y dirigió al ejército en la batalla. Su principal culpa fue su abrumadora soberbia; una opinión exaltada de su posición que lo llevó a insultar a Crisés y Aquiles, trayendo así un gran desastre sobre los griegos.
después de la captura de Troya, Casandra, la profetisa condenada e hija de Príamo, cayó en manos de Agamenón en la distribución de los premios de guerra.