San Juan O’Sullivan fue puesto a cargo de la misión en 1910, momento en que su comunidad estaba dispersa y sus edificios en ruinas. Se dedicó a reconstruir la comunidad parroquial, así como a restaurar las antiguas instalaciones. La misión recibió el estatus parroquial completo en 1918 como la Iglesia de la Misión San Juan Capistrano. La Capilla Serra, el edificio de la iglesia más antigua en pie en California y el único edificio existente donde St., Junípero Serra es conocido por haber dicho Misa, fue utilizado para los servicios, ya que la Iglesia de piedra original de la misión fue destruida en un terremoto de 1812.
se habían hecho varios esfuerzos para restaurar la iglesia a lo largo de los años, pero solo habían causado más daños. O’Sullivan, que serviría como pastor hasta su muerte en 1933, había pensado construir una nueva iglesia parroquial siguiendo el modelo de la antigua iglesia de piedra, pero nunca se dio cuenta de su idea. El caso moderno de una nueva iglesia parroquial fue retomado por Fr. Paul Martin, quien fue nombrado pastor en 1976., En este momento, la población católica de la zona había crecido considerablemente, y la Capilla de Serra era inadecuada para las necesidades de la parroquia.
la torre de La campana al atardecer
de Recaudación de fondos que había comenzado en el año 1981, que abarca promesa de unidades y donaciones de la misión de los visitantes. La primera misa en el nuevo edificio se ofreció en la Navidad de 1984, pero la construcción no se completaría hasta dentro de dos años., La primera misa en la nueva iglesia se celebró el 23 de octubre de 1986, y el edificio fue dedicado oficialmente por el Cardenal Timothy Manning el 8 de febrero de 1987.