La Paz resultó de corta duración, sin embargo, a finales de 1798 se formó una nueva coalición dirigida contra Francia (la Guerra de la Segunda Coalición, 1798-1802). Esta vez Prusia permaneció neutral. Federico Guillermo III, un gobernante concienzudo y modesto pero ineficaz, era notable por su moralidad privada más que por su habilidad política. El Gobierno de Berlín iba y venía, incursionando en pequeñas reformas económicas y administrativas sin mejorar significativamente la estructura del estado., Una década de neutralidad se desperdició mientras los comandantes del ejército se dormían en los laureles de Federico el Grande. Austria, por su parte, desempeñó el mismo papel dirigente en la Guerra de la Segunda Coalición que en la Guerra de la Primera Coalición, con el mismo resultado desafortunado. Las victorias Francesas en Marengo (14 de junio de 1800) y Hohenlinden (3 de diciembre de 1800) obligaron al emperador Francisco II a aceptar el Tratado de Lunéville (9 de febrero de 1801), que confirmó la cesión de Renania., Más que eso, aquellos gobernantes que perdieron sus posesiones en la orilla izquierda bajo los Términos de la paz iban a recibir compensación en otras partes del Imperio. Para llevar a cabo esta redistribución del territorio, la Dieta Imperial confió a un comité de príncipes, la Reichsdeputation, la tarea de dibujar un nuevo mapa de Alemania. Sin embargo, Francia ejerció la mayor influencia en sus deliberaciones. Napoleón había resuelto utilizar la solución de las reclamaciones territoriales para alterar fundamentalmente la estructura del Sacro Imperio Romano Germánico., El resultado fue que el receso Final (Hauptschluss) de la Reichsdeputation de febrero de 1803 marcó el fin del viejo orden en Alemania. En su intento de establecer una cadena de Estados satélites al este del Rin, los diplomáticos franceses llevaron a la eliminación del más pequeño y menos viable de los componentes políticos de Alemania. De este modo, también impulsaron el proceso de consolidación nacional, ya que la fragmentación de la Autoridad cívica en el Imperio había sido un pilar del particularismo. No hace falta decir que Napoleón no tenía la intención de fomentar la unidad entre sus vecinos., Sin embargo, sin saberlo, preparó el camino para un proceso de centralización en Alemania que ayudó a frustrar sus propios planes para el futuro engrandecimiento de Francia.
las principales víctimas del receso Final fueron las ciudades libres, los Caballeros imperiales y los territorios eclesiásticos. Cayeron por docenas. Demasiado débiles para ser aliados útiles de Napoleón, fueron destruidos por la ambición de sus conquistadores franceses y por la codicia de sus vecinos alemanes., Todavía podían jactarse de su historia antigua como miembros soberanos del Sacro Imperio Romano Germánico, pero su existencia continua se había vuelto incompatible con un gobierno efectivo en Alemania. Los herederos principales de sus posesiones fueron los estados secundarios más grandes. Sin duda, Napoleón no pudo evitar que Austria y Prusia obtuvieran algunas ganancias en la lucha general por el territorio que habían ayudado a hacer posible. Pero trabajó para engrandecer a los gobernantes alemanes, la mayoría de ellos en el sur, que eran lo suficientemente fuertes como para ser vasallos valiosos, pero no lo suficientemente fuertes como para ser amenazas potenciales., Baviera, Württemberg, Baden, Hesse-Darmstadt y Nassau fueron los grandes ganadores en la competencia por el botín que había sido el principal objeto de las negociaciones. La estrategia de Napoleón había estado en la tradición clásica de la diplomacia francesa, la tradición de Richelieu y Mazarino. Los príncipes habían sido enfrentados contra el emperador para mejorar el papel que París podía desempeñar en los asuntos de los estados alemanes. Sin embargo, los príncipes alemanes no se resienten ser usados como peones en un juego político para promover los intereses de una potencia extranjera., Todas las objeciones que plantearon contra el Acuerdo de 1803 se basaron en la conveniencia y el oportunismo. La acusación más seria del viejo orden fue que en la hora de su inminente colapso ninguno de los gobernantes intentó defenderlo en nombre del bienestar general de Alemania.
el receso Final fue el penúltimo acto de la caída del Sacro Imperio Romano Germánico. El final llegó tres años después. En 1805 Austria se unió a la Tercera Coalición de grandes potencias decididas a reducir la preponderancia de Francia (lo que resultó en la Guerra de la Tercera Coalición, 1805-07)., El resultado de esta guerra fue aún más desastroso que el de las guerras de la primera y segunda coaliciones. Napoleón obligó al principal ejército de los Habsburgo en Alemania a rendirse en Ulm (17 de octubre de 1805); luego descendió a Viena, ocupando la orgullosa capital de su enemigo; y finalmente infligió una aplastante derrota (2 de diciembre de 1805) a los ejércitos combinados ruso y austriaco en Austerlitz en Moravia (ahora en la República Checa)., Antes de que terminara el año, Francisco II se vio obligado a firmar el humillante Tratado de Presburgo (26 de diciembre), que puso fin al papel dominante que su dinastía había desempeñado en los asuntos de Alemania. Tuvo que entregar sus posesiones en Alemania Occidental a Wurtemberg y Baden, y la provincia de Tirol a Baviera. La estrategia de Napoleón de jugar principesco contra las ambiciones imperiales había demostrado un éxito brillante. Los gobernantes de los estados secundarios en el sur lo habían apoyado en la guerra contra Austria, y en la paz que siguió fueron ricamente recompensados., No solo compartieron el botín confiscado a los Habsburgo, sino que también se les permitió absorber las ciudades libres restantes, principados pequeños y territorios eclesiásticos. Finalmente, afirmando los derechos de plena soberanía, los gobernantes de Baviera y Wurtemberg asumieron el título de rey, mientras que los gobernantes de Baden y Hesse-Darmstadt se contentaron con el rango más modesto de Gran Duque., Los últimos vestigios de la constitución imperial habían sido destruidos, y Alemania estaba lista para una nueva forma de organización política que reflejara las relaciones de poder creadas por la fuerza de las armas.
en el verano de 1806, 16 de los estados secundarios, alentados e impulsados por París, anunciaron que estaban formando una asociación separada que se conocería como la Confederación del Rin., El arzobispo Karl Theodor von Dalberg presidiría la nueva unión como el «príncipe primado», mientras que las futuras deliberaciones entre los miembros establecerían un colegio de reyes y un colegio de príncipes como cuerpos legislativos comunes. Incluso se habló de un «estatuto fundamental» que serviría como la Constitución de una Alemania rejuvenecida. Sin embargo, todos estos planes valientes nunca fueron más que una fachada para la dura realidad de la hegemonía extranjera en Alemania., Napoleón fue proclamado el «protector» de la Confederación del Rin, y una alianza permanente entre los Estados miembros y el Imperio francés obligó al primero a mantener fuerzas militares sustanciales con el propósito de la defensa mutua. No podía haber duda de A qué intereses servirían estas tropas. Se esperaba que los gobernantes secundarios de Alemania pagaran un hermoso tributo a París por su recién adquirida soberanía falsa., El 1 de agosto los Estados Confederados proclamaron su secesión del Imperio, y una semana más tarde, el 6 de agosto de 1806, Francisco II anunció que estaba deponiendo la corona imperial. El Sacro Imperio Romano Germánico llegó así oficialmente a su fin después de una historia de mil años.