La carrera cómica de Benjamin comenzó en Boston, donde estuvo en un dúo de comedia con Sam Seder, entonces miembro de Cross Comedy, un equipo de comedia dirigido por David Cross. Durante los primeros siete años de su carrera, Benjamin trabajó casi exclusivamente en grupos en lugar de de forma independiente. Posteriormente, su trabajo independiente se mantuvo más experimental, rechazando los estilos tradicionales de stand-up comedy.,
Los proyectos en vivo de Benjamin incluyen The Midnight pijama Jam, un espectáculo realizado en la ciudad de Nueva York con Jon Glaser y Tinkle, un espectáculo que combina comedia stand-up y música en vivo, co-presentado por Todd Barry y David Cross. Un DVD Midnight pijama Jam está actualmente en producción. Benjamin y Cross aparecen juntos en el álbum Invite Them Up.
fue el invitado en Space Ghost Coast To Coast en su ochenta y primer episodio, «King Dead» el 17 de diciembre de 1999, donde Zorak y Moltar lo secuestraron., Ha aparecido en el programa de televisión Cheap Seats, en ESPN Classic, como «Gene Stapleton» y «Rabbi Marc Shalowitz». Co-protagonizó el cortometraje de Todd Barry Borrowing Saffron y retrató una lata parlante de verduras con un hábito vergonzoso de autofelatio en la película Wet Hot American Summer. Hizo cameos cortos en Not Another Teen Movie como el entrenador de fútbol, y en la comedia dramática de FX Network Rescue Me como el proxeneta «F-bomb» en la segunda temporada., Se le puede ver en Turbocharge-The Unauthorized Story of the Cars, una comedia biográfica sobre la banda de rock de los 80, interpretando el papel del mánager de Cars, Elliot Roberts, en su habitual entrega cómica.
Benjamin ha hecho un extenso trabajo de voz en programas de televisión animados. Sus créditos incluyen papeles estelares en varios programas de dibujos animados de Soup2Nuts, como Science Court; Home Movies; O’Grady; Dr. Katz, terapeuta profesional; y Assy McGee. Co-creó Freak Show con David Cross., Benjamin protagonizó el diablo y varios otros papeles en Lucy, The Daughter of the Devil, que se emitió durante una temporada en Adult Swim a partir del 9 de septiembre de 2007. Benjamin interpreta a un personaje recurrente en la serie de PBS Kids WordGirl y es el locutor de The Sam Seder Show y The Majority Report. Hizo la voz de «Shelly», el contador de Sam Seder, en Breakroom Live con Maron & Seder.
Benjamin ha hecho apariciones especiales en varios espectáculos animados., Estuvo en los episodios de Aqua Teen Hunger Force «Bus Of The Undead» y «The Last One» como Mothmonster, en «Broodwich» como Mr.Sticks, en «Bible Fruit» como Mortimer Mango y jugó el papel de acción en vivo de Master Shake En «Last Last One Forever And Ever», acreditado como el capitán Turd Mahoy. Hizo un cameo como agente del gobierno en la película Aqua Teen Hunger Force Colon Movie Film para cines junto a su frecuente colaborador Jon Glaser., Ha aparecido en padre de familia como Carl, un empleado de tienda obsesionado con la trivia de la película que interpretó a Yoda en el episodio de parodia de Star Wars «Something, Something, Something, Dark Side».
otras apariciones incluyen The Venture Bros., en los episodios «Escape To The House of Mummies Part II», «I Know Why the Caged Bird Kills» y «The Better Man», en la que interpretó al maestro del Dr. Orfeo, que aparece en la forma de Cerbero, El caballo de Catalina La Grande y, en «The Better Man», tanto la ex esposa del Dr. Orfeo como una futura Dean Venture, respectivamente., Apareció en el corto » bar » de Stella, que se puede encontrar como un huevo de Pascua en el DVD de la Temporada 1. Benjamin apareció en el programa de sketch/variety de Comedy Central Important Things con Demetri Martin.
en 2009, Benjamin y David Cross crearon y escribieron para Paid Programming, un piloto de acción en vivo para el bloque de programación nocturna de Cartoon Network, Adult Swim. La programación pagada no fue recogida para una serie completa y Benjamin se refirió a ella como un «fracaso abyecto».,
Benjamin apareció en un comercial de Super Bowl XLIII Bud Light con Conan O’Brien y fue responsable de los videos de McCain Girls en YouTube. Hace la voz de Sterling Archer, un agente secreto en la serie FX Archer que se emitió por primera vez el 14 de enero de 2010. Ha aparecido en varios segmentos del programa de televisión Human Giant y tuvo un cameo en The American Dad! episodio «License to Till» como una cabeza de repollo parlante.
Benjamin protagonizó la serie de Comedy Central Jon Benjamin Has a Van, que co-creó con el comediante Leo Allen., La serie debutó el 14 de mayo de 2011; un total de 10 episodios emitidos, el último el 10 de agosto de 2011.
a partir de 2013, La Voz de Benjamin se puede escuchar como el narrador de una serie de comerciales de televisión para Coke Zero, incluyendo algunos con vínculos al Programa de ESPN College Game Day.
en 2014, Benjamin fue nombrado como el mejor actor de comedia masculino del año por su trabajo en Bob’s Burgers y Archer por los Vulture TV Awards, una expansión digital de la revista New York magazine.
en 2015, a pesar de no saber tocar ningún instrumento, Benjamin lanzó su primer álbum de jazz, Well, I Should Have…., Benjamin «tocó» el piano y se unió a Scott Kreitzer en el saxo, David Finck en el bajo y Jonathan Preitz en la batería.
Benjamin escribió la autobiografía cómica Failure is an Option: An Attempted Memoir, que fue publicada por Penguin Random House en mayo de 2018. Narró el audiolibro.
Benjamin comenzó a aparecer en comerciales para la cadena de restaurantes Arby’s en 2018 como su nuevo portavoz promocionando su variedad de carnes «para sándwiches».
el 22 de enero de 2020, Benjamin respaldó a Bernie Sanders para Presidente y narró una serie de videos sobre las propuestas de atención médica de Sanders.,
en marzo de 2020, Benjamin fue la voz de Saddam Hussein en Blowback, un podcast de la Guerra de Irak creado y presentado por Brendan James y Noah Kulwin.
en septiembre de 2020, Benjamin narró el video de lanzamiento para el Gravel Institute.