IMGT classes of the 20 common amino acids
las clases ‘fisicoquímicas’ IMGT de los 20 aminoácidos comunes
Once clases ‘fisicoquímicas’ IMGT de los 20 aminoácidos comunes se han definido por las propiedades fisicoquímicas de sus cadenas laterales (Figura 1) .,
Estas clases estandarizadas se utilizan en bases de datos y herramientas IMGT®, para la descripción de cambios de clase de aminoácidos en mutaciones e ingeniería de proteínas.
Figura 1: las 11 clases ‘fisicoquímicas’ IMGT de los 20 aminoácidos comunes .,
‘Hydropathy’
| I | V | L | F | C | M | A | W (1) | G | T | S | Y | P | H | N | D | Q | E | K | R |
| 4.5 | 4.2 | 3.8 | 2.8 | 2.5 | 1.9 | 1.8 | -0.,9 | -0.4 | -0.7 | -0.8 | -1.3 | -1.6 | -3.2 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.9 | -4.,5 |
| hidrofóbico | neutro | hidrofílico | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Los aminoácidos se ordenan desde el más hidrofóbico, isoleucina (I, en el lado izquierdo) hasta el más hidrofílico, arginina (r, a la derecha), según la escala de Kyte-doolitle .
(1) el triptófano, a pesar de su valor de -0,9 en la escala de Kyte-Doolittle, ha sido clasificado en la clase ‘hidrofóbica’ IMGT, ya que participa en el núcleo hidrofóbico de los dominios estructurales.,
‘volumen’
Los aminoácidos se ordenan desde el más pequeño (G) hasta el más grande (W).
‘química’
‘carga’
El grupo sulfhidrilo de la cisteína y el grupo hidroxilo fenólico de la tirosina muestran cierto grado de ionización dependiente del pH.
‘átomos donantes o aceptadores de hidrógeno’
hay 4 clases IMGT ‘átomos donantes o aceptadores de hidrógeno’. Los aminoácidos de cada clase están en el orden de la Tabla 2:
- donante (R, K, W).
- aceptor (D, E).
- donante y aceptor (N, Q, H, S, T, Y).
- ninguno (A, C, G, I, L, M, F, P,V).,