Los Pueblos indígenas han sido marginados en México desde que España colonizó la región en 1519. La enfermedad, la esclavitud y la explotación han afectado y devastado a muchas comunidades indígenas estadounidenses, y los efectos de la colonización han seguido afectando a las comunidades indígenas mexicanas. Los indígenas constituyen el 15% de la población de México, y en 2011, la demografía también constituía la mayoría del 18% de la población de México que vive con inseguridad alimentaria., Chiapas, el estado más meridional de México, tiene alrededor del 13% de toda la población indígena del país y también tiene la segunda tasa de pobreza más alta después del Estado de Guerrero. Alrededor de la mitad de la población indígena en Chiapas no reportó ingresos en el Censo de 2010, con otro 42% de los individuos que ganan menos de 5 5 al día. Los pueblos indígenas en el estado también han sido afectados por la desnutrición, así como de acceso restringido a servicios de salud y educación., La opresión económica también fue visible durante la década de 1950 cuando a los indígenas se les impidió ingresar a los límites de la ciudad de San Cristóbal y en su lugar tuvieron que vender algunos de sus artículos a intermediarios a valores mucho más bajos que el valor real de los artículos.
después de la masacre de Tlatelolco, el Gobierno Mexicano continuó suprimiendo instancias de movilización política y organización social como parte de lo que se conoce como la Guerra Sucia. A pesar de la amenaza de persecución Gubernamental, las organizaciones campesinas y pequeños grupos armados comenzaron a formarse en Chiapas en la década de 1970., En los esfuerzos por suprimir la Resistencia Indígena en la región, los propietarios de fincas y tierras crearon fuerzas paramilitares patrocinadas por el Gobierno Mexicano diseñadas para corresponder violentamente contra el potencial desafío Indígena. Al mismo tiempo, muchos indígenas conocidos como guerrilleros formaron pequeños grupos armados militantes en respuesta a la persecución, uno de los cuales se convirtió en el EZLN.,
Carlos Salinas fue elegido presidente de México en 1988, y aunque prometió utilizar fondos del gobierno para ayudar a los estados pobres como Chiapas, los residentes nunca vieron el dinero controlado por el Partido Revolucionario Institucional. El catalizador de la decisión del EZLN de rebelarse fue la revisión en 1991 del artículo 27 de la Constitución revolucionaria de México de 1917. En virtud del artículo 27, las tierras comunales nativas o los ejidos están protegidos contra la venta o la privatización. Con la eliminación del artículo 27, los agricultores nativos temían la pérdida de sus tierras restantes y las importaciones baratas de los Estados Unidos., En el año anterior a la rebelión, el EZLN designó al Subcomandante Marcos como el líder ideológico del levantamiento y también hizo planes para declarar la guerra al Estado de México. Marcos fue único en su liderazgo porque a diferencia de la mayoría de los participantes del levantamiento, su etnia era mestiza en lugar de Indígena. El EZLN declaró la guerra al Estado mexicano el 1 de enero de 1994 para protestar por la implementación del TLCAN.