La primera de las veintiuna misiones de California, La Misión San Diego de Alcalá lleva el nombre del santo del siglo XV, Didacus de Alcalá, más comúnmente conocido como San Diego. Fundada por el Padre Junípero Serra el 16 de julio de 1769, es aquí donde se hizo realidad el sueño religioso y político español de comenzar una cadena misionera de Alta California.,
originalmente ubicado en una colina con vistas a la bahía, una sequía en 1774 obligó a los padres de la misión a trasladar la misión de San Diego unas seis millas tierra adentro a su ubicación actual, más cerca del Río San Diego, para obtener acceso a tierras agrícolas más favorables y a las aldeas indígenas locales.
los indios nativos Tipai-Ipai eran resistentes a la colonización y pocas semanas después de la violencia fundacional de la misión había resultado en muertes tanto para los indios como para los misioneros., En 1775, descontentos con las reglas y regulaciones, cientos de indios Tipai locales atacaron la misión, causando grandes daños al edificio y matando al Padre Jayme, que se convertiría en el primer mártir cristiano de California. Temiendo otra incursión, los padres reconstruyeron la misión de acuerdo con las especificaciones de un fuerte del ejército.
a medida que la población de la misión creció, también lo hizo la necesidad de una iglesia más grande. Los Franciscanos emplearon al maestro albañil Miguel Blanco para construir el edificio, lo que resultó en un diseño considerado anticuado incluso en el momento de su finalización., La iglesia cuenta con ventanas llamativas, construidas en alto para la protección de los intrusos, y también para evitar que se derrumben bajo el peso de las paredes de adobe. Cuando el techo se agrietó en 1811, se agregaron grandes contrafuertes al frente de la misión. Esta adición llegó justo a tiempo: el apoyo adicional permitió a la misión sobrevivir al terremoto de 1812.
una de las características más llamativas de esta misión es el campanario de 46 pies de altura, o pared de campana, que sostiene cinco campanas. La más grande de estas campanas de bronce se llama Mater Dolorosa, y pesa la asombrosa cantidad de 1,200 libras., Comunes a todas las misiones, las campanas cumplían una serie de propósitos: anunciaban la hora de la misa, el trabajo, las comidas y las siestas. Por supuesto, también advirtieron del peligro, tocaron para honrar a los muertos, llamaron para celebrar la paz y proclamaron la llegada de invitados.
El legado del Padre Junípero Serra permanece en este sur de la mayoría de las misiones de California. Construida en 1774, la Casa de Padre Serra, ES donde una vez durmió el idealista de la misión. Se cree que esta habitación es la única habitación original que ha sobrevivido a los ataques indios y desastres naturales.
el pasado militar de la misión de San Diego ha sido agitado., La ocupación militar estadounidense de la misión comenzó en 1846 y duró 16 años, hasta que el presidente Abraham Lincoln firmó una proclamación de devolución de la misión a la Iglesia Católica en 1862.
hoy en día, la iglesia y una capilla más nueva, la Capilla de San Bernardino, se combinan para servir como centro religioso para la parroquia todavía grande y activa de la misión de San Diego.