16S rRNA-geenin sekvensointi on yleisesti käytetty tunniste -, luokittelu-ja määritysraja mikrobeja sisällä monimutkainen biologinen seoksia, kuten ympäristö-näytteet (ex meren vesi) ja suolen näytteet (ex microbiome ihmisen suolistossa)., 16S rRNA-geeni on hyvin säilynyt osa transkription koneet kaikki DNA-pohjainen elämän muotoja, ja näin on erittäin sopiva kohde geenin sekvensointi DNA: ta sisältävät näytteet jopa tuhansia eri lajeja. Universal PCR-alukkeet voidaan suunnitella kohdistaa konservoituneita alueita 16S jolloin on mahdollista vahvistaa geenin laaja valikoima erilaisia mikro-organismeja yhdestä näytteestä. Sopivasti 16s rRNA-geeni koostuu sekä säilyneistä että muuttuvista alueista(Kuva. 1)., Samalla säilytetty alueen tekee universaali vahvistus mahdollista, sekvensointi muuttuja-alueiden avulla syrjintää nimenomaan eri mikro-organismien, kuten bakteerien, arkkien ja mikrobien eukarya. Virusten tunnistamista vaatii metagenomic sekvensointi (suora sekvensointi DNA: n kokonaismäärä uutettu mikrobi-yhteisö), koska niiden puute fylogeneettiseen merkki geeni 16S.
Kuva 1 – Noin 1,5 kb 16S rRNA-geeni E. coli osoittaa yhdeksän muuttujan alueita, jotka tekevät siitä ihanteellisen kohteen niin fylogeneettiseen merkki geeni.,
alun Perin tutkimukset ympäristön vaadittavien näytteiden viljely ja eristäminen lajien tunnistamiseen, työläs ja aikaa vievä prosessi. 16S rRNA PCR: n kytkeminen seuraavan sukupolven sekvensointiin on kuitenkin mahdollistanut monien näytteiden tutkimisen edullisesti. Alussa 16S rRNA-sekvensointi tutkimukset ovat jo löytäneet monia sekvenssit, jotka eivät kuulu mihinkään tiedossa viljellyt lajit, mikä osoittaa, että on olemassa lukuisia ei-eristetty organismeja ja että viljelyyn perustuvat menetelmät löytää vain pieni osa bakteeri-ja archaeal laji näytteessä., Lisäksi, kanssa multiplexing monia näytteitä ja korkea kattavuutta tarjoamia tänään on seuraavan sukupolven alustoille, voimme nyt analysoida näytteitä kattava aikasarja määrällisesti mikrobien dynamics monilla sivustoja, tai tuottaa yksityiskohtaiset 3D kartat mikrobien yhteisöjä, sekä tutkia, ovatko muutokset harvinaisia tai runsaita lajeja ovat ensisijaisesti terveys ja sairaus.
Kuva 2 – klusterointi 5′ – ja 3′ lukee eri ympäristö-näytteet osoittavat, että näytteet tietyssä ympäristössä tyyppi klusterin yhdessä hyvin.,
– Lukee seuraavan sukupolven sekvensointi voidaan PUHALLETTU vastaan kuratoinut tietokantoihin, kuten Ribosomaalisen Tietokanta-Hanke (RDP), GreenGenes, ja SILVA tunnistamista ja luokittelua varten. Toisiinsa liittyvät sekvenssit ovat ”klusteroituja”ja kunkin klusterin edustajien lukumäärä lasketaan. Samankaltaisten sekvenssien klustereista käytetään nimitystä” operational taxonomic units ” (OTUs). OTU-määristä esitetään yhteenveto taulukossa kunkin organismin suhteelliset pitoisuudet kussakin näytteessä., Tähän mennessä useita analyysi putkistot on kehitetty analyysi 16S rRNA-geenin sekvenssi tiedot ja kaksi yleisesti käytetty putkistot ovat QIIME ja Mothur. QIIME vie käyttäjiä niiden raaka-sekvensointi-lähdön kautta ensimmäiset analyysit, kuten OTU poiminta, taksonominen tehtävän, ja rakentaminen fylogeneettisiä puita edustavien sekvenssit OTUs, ja sen kautta alavirtaan tilastollinen analyysi, visualisointi, ja tuotantoon julkaisu-laatu grafiikka.,
LC Sciences tarjoaa kattavan 16SrRNA geenisekvensseihin palvelun tunnistaminen ja luokittelu lajien mikrobien näytteitä. Käytämme dual zone (amplified-alueilla V3 + V4) 16S rDNA fragmentti vahvistus strategia, sekvenssi, alan johtava Illumina MiSeq alustan ja tarjota laaja data-analyysi, mukaan lukien: sekvensointi tietoja, tuotanto tilastot, sekvenssi klusterointi toiminnallisiksi taksonomisia yksiköitä (OTU), monimuotoisuus analyysi -, laji-luokitus ja runsaasti analysointia.,
Äskettäin, yksi LC Sciences asiakkaiden käytetty 16S rRNA-geenin sekvensointi opiskella ilman mikrobien leviämistä saastuneilla alueilla, joilla epäsuotuisat sääolot aiheuttaa kaksinkertaisen pilaantumista, pöly-ja savusumu.