Autoimmuuni enkefaliitti (AE) voi tuottaa erittäin laaja valikoima neuro-psyykkisiä oireita. Merkittävä haaste diagnoosi on, että erilaisia oireita voi esiintyä eri aikoina ja eri tasoilla intensiteetti, niin että tauti voi matkia monia muita sairauksia. Joillakin potilailla on aluksi joko neurologisia tai psyykkisiä oireita, mikä vaikeuttaa diagnoosia entisestään.,i>
Vaikka vain yksi näistä oireista ei tarkoita, autoimmuuni enkefaliitti, muutoin selittämätön sekoitus edellä neuro-psyykkisiä oireita voi olla vihje siitä, että perimmäinen syy on autoimmuuni enkefaliitti.,