Harpers Ferry oli ensimmäinen ratkaistu vuonna 1732 Peter Stephens, jonka ”squatter’ s rights” ostettiin vuonna 1747 Robert Harper, joille kaupunki oli nimetty. Noin vuonna 1750 Harper sai patentin 125 hehtaarin (0,5 km2) nykyisen sijainnin kaupungin. Vuonna 1761 Harper perustettu lautalla yli Potomac-Joen, jolloin kaupungin lähtökohta uudisasukkaat siirtymässä Shenandoah Valley ja edelleen länteen. Vuonna 1763 Virginian yleiskokous perusti ”Shenandoah Fallsin kaupungin Mr., Harper ’ s Ferry.”
25.lokakuuta 1783 Thomas Jefferson vieraili Harpers Ferryllä. Hän katsoi ”the passage of the Potomac though the Blue Ridge” kalliolta, joka on nyt nimetty hänen mukaansa. Jefferson kutsui sivustoa ” ehkä yhdeksi luonnon ällistyttävimmistä kohtauksista.”
George Washington, presidentti Patowmack Yritys (joka oli muodostunut täydellinen joen parannuksia Potomac-jokea ja sen sivujokia), matkusti Harpers Ferry kesällä 1785 määrittää tarve ohittaa kanavat., Vuonna 1794 Washingtonin perehtyneisyys alueeseen sai hänet ehdottamaan paikkaa uudelle Yhdysvaltain asevarastolle ja Arsenalille. Osa Washingtonin perheestä muutti alueelle; presidentin nuorin täysveli Charles Washington perusti Charles Townin kaupungin noin kuuden kilometrin päähän lounaaseen. Presidentti Washingtonin veljenpoika eversti Lewis Washington oli panttivankina John Brownin iskussa vuonna 1859.
Vuonna 1796 liittovaltion hallitus osti maapalstan perillisiä Robert Harper, ja kolme vuotta myöhemmin, rakentaminen alkoi YHDYSVALTAIN Armory ja Arsenal Harpers Ferry., Välillä 1801 ja 1861, kun se tuhoutui estää kaapata sisällissodan aikana, armory valmistettu yli 600 000 musketit, kiväärit ja pistoolit. Teollistuminen jatkui vuonna 1833, kun Chesapeake & Ohio Canal saavuttanut Harpers Ferry, joka yhdistää sen kanssa Washington d. c.: ssä vuotta myöhemmin, Baltimore & Ohio Railroad alkoi junalla kaupungin läpi.
16. lokakuuta 1859, radikaali kuolemanrangaistuksen John Brown johti ryhmä 21 miehiä ratsian arsenal., Brown miehineen hyökkäsi ja valtasi useita rakennuksia; hän toivoi voivansa käyttää kaapattuja aseita aloittaakseen orjien kapinan kaikkialla etelässä. John Brownin miehet joutuivat nopeasti paikallisten asukkaiden ja miliisin puristuksiin ja joutuivat pakenemaan asevaraston viereiseen konetaloon. Ehdollinen YHDYSVALTAIN Merijalkaväen, jota johti silloinen Everstiluutnantti Robert E. Lee, ryntäsi moottori talon ja kiinni suurin osa raiders, tappaen pari ja kärsimystä yksi uhri itse. Brownia syytettiin maanpetoksesta Virginian Kansainyhteisöä vastaan, tuomittiin ja hirtettiin Charles Townissa., Ratsia vauhditti sisällissotaa.
sisällissota oli tuhoisaa Harpers Ferrylle, joka vaihtoi omistajaa kahdeksan kertaa vuosina 1861-1865. Kun Virginia erosivat huhtikuussa 1861, YHDYSVALTAIN varuskunta yritti polttaa arsenaali ja tuhota niiden koneet, estää Confederates käyttämästä sitä. Paikalliset pelastivat kaluston, jonka Konfederaation armeija siirsi turvallisempaan paikkaan pääkaupungissaan Richmondissa. Yhdysvaltain armeija ei koskaan uusinut asetuotantoa Harpers Ferryssä.,
sisällissodan päätyttyä vuonna 1867 historiallisen mustan Storer Collegen perusti Camp Hillille pastori Nathan Cook Brackett. Merkittäviä alumneja ovat jazzlegenda Don Redman ja Nigerian liittotasavallan ensimmäinen presidentti Nnamdi Azikiwe. Storer College suljettiin kesäkuussa 1955, ja kampus on nykyään osa Harpers Ferry National Historical Parkia.
15. elokuuta 1906, Niagara Liike, jota johti kirjailija ja tutkija W. E. B. Du Bois ja poliittinen aktivisti William Monroe Trotter, piti ensimmäisen kokouksensa Amerikan maaperällä kampuksella Storer College., Afroamerikkalaisten kansalaisoikeuksien turvaamiseksi järjestettyä kolmipäiväistä kokoontumista DuBois luonnehti myöhemmin ” yhdeksi suurimmista kokouksista, joita amerikkalaiset neekerit ovat koskaan pitäneet.”Vuonna 1911 Niagara-liikkeen jäsenet liittyivät yhteen muiden kanssa muodostaen kansallisen värillisten edistämisyhdistyksen, joka tunnetaan paremmin nimellä NAACP.
Vuonna 1944 suurin osa kaupungista tuli osa National Park Service ja on nyt säilytettävä kuten Harpers Ferry National Historical Park., Kaikki kaupungin alueet, jotka eivät kuulu puistoon, sijaitsevat liittovaltion tunnustaman Harpers Ferry Historic Districtin alueella.