rauha osoittautui lyhytaikaiseksi, kuitenkin lopussa 1798 uusi koalitio suunnattu Ranskaa vastaan oli muodostettu (Sodan Toinen Koalitio, 1798-1802). Tällä kertaa Preussi pysyi puolueettomana. Tunnollinen ja vaatimaton mutta tehoton hallitsija Fredrik Vilhelm III oli merkittävä yksityisen moraalin eikä poliittisen taidon puolesta. Hallitus Berliinissä ajautui edestakaisin, tehdä pieniä taloudellisia ja hallinnollisia uudistuksia ilman merkittävästi parantaa rakenteen valtion., Puolueettomuuden vuosikymmen kului, kun armeijan komentajat lepäsivät Fredrik Suuren laakereilla. Itävallalla sen sijaan oli toisen koalition sodassa sama johtoasema kuin ensimmäisen koalition sodassa, samalla valitettavalla tuloksella. Ranskan voittoja klo Marengo (kesäkuu 14, 1800) ja Hohenlinden (3. joulukuuta 1800) pakotti Keisari Francis II sopia Sopimuksen Rikkauksia (9. helmikuuta 1801), joka vahvisti luovuttamista Rheinland., Lisäksi niiden hallitsijoiden, jotka menettivät omaisuutensa vasemmanpuoleisella pankilla rauhan ehdoilla, oli määrä saada korvausta muualta valtakunnasta. Voidakseen suorittaa tämä uudelleenjako alueella, Imperial Ruokavalio uskottu komitean ruhtinaat, Reichsdeputation, jonka tehtävänä on piirtää uusi kartta Saksa. Ranska käytti kuitenkin suurta vaikutusvaltaa neuvotteluissaan. Napoleon oli päättänyt hyödyntää aluevaatimusten asuttamista muuttaakseen perusteellisesti Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan rakennetta., Tuloksena oli, että helmikuun 1803 valtiopäivien viimeinen välitunti (Hauptschluss) merkitsi vanhan ritarikunnan loppua Saksassa. Heidän yritys perustaa ketjun satelliitti-valtiot itään Reinin, ranskan diplomaatit toi poistaminen pienin ja vähiten kannattava poliittinen osia Saksasta. Näin ne edistivät myös kansallista konsolidointiprosessia, sillä kansalaistoiminnan pirstoutuminen valtakunnassa oli ollut partikularismin tukipilari. On sanomattakin selvää, ettei Napoleon aikonut edistää naapureidensa yhtenäisyyttä., Silti hän tietämättään valmisteltiin prosessi keskittämisen Saksassa, joka auttoi tekemään tyhjäksi hänen omia tulevaisuuden suunnitelmia liioittelu Ranska.
Lopputauon pääuhreja olivat vapaat kaupungit, keisarilliset ritarit ja kirkolliset alueet. He putosivat kymmenien ohi. He olivat liian heikkoja ollakseen Napoleonin hyödyllisiä liittolaisia, ja heidät tuhosivat ranskalaisten valloittajien kunnianhimo ja saksalaisten naapurien ahneus., He voivat vielä ylpeillä heidän antiikin historia kuin suvereeni jäsenet Pyhän saksalais-Roomalaisen Keisarikunnan, mutta niiden olemassaolo oli tullut ristiriidassa tehokas hallitus Saksassa. Omistustensa pääasiallisia perillisiä olivat suuremmat keskivaltiot. Napoleon ei varmastikaan voinut estää Itävaltaa ja Preussia saavuttamasta joitakin voittoja niiden auttamalla alueella. Mutta hän työskenteli korostamiseksi ne saksan hallitsijat, useimmat etelä, jotka olivat tarpeeksi vahva olla arvokas vasalleja, mutta ei tarpeeksi vahva olla mahdollisia uhkia., Baijeri, Württemberg, Baden, Hesse-Darmstadt, ja Nassau olivat suuria voittajia kilpailussa saalista, joka oli ollut tärkein kohde neuvottelut. Napoleonin strategia oli kuulunut Ranskan diplomatian klassiseen perinteeseen, Richelieun ja Mazarinin perinteeseen. Ruhtinaat oli asetettu keisaria vastaan tehostamaan Pariisin mahdollista roolia Saksan valtioiden asioissa. Saksan ruhtinaat eivät kuitenkaan paheksuneet sitä, että heitä käytettiin pelinappuloina poliittisessa pelissä vieraan vallan etujen ajamiseen., Vuoden 1803 sovintoa vastaan esitetyt vastalauseet perustuivat tarkoituksenmukaisuuteen ja opportunismiin. Vakavin syyte vanha järjestys oli, että tunnin sen välitön romahtaminen yksikään hallitsijat yrittivät puolustaa sen nimi yleistä hyvinvointia Saksa.
viimeinen tauko oli viimeinen näytös Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan kukistuttua. Loppu tuli kolme vuotta myöhemmin. Vuonna 1805 Itävalta liittyi kolmas koalitio suurvaltojen päättänyt vähentää voittopuolisesti Ranska (jolloin Sodan Kolmas Koalitio, 1805-07)., Tämän sodan lopputulos oli vielä tuhoisampi kuin ensimmäisen ja toisen koalition sodissa. Napoleon pakotti tärkein Habsburg armeijan Saksassa antautua Ulm (17. lokakuuta 1805); sitten hän laskeutui Wien, miehittää ylpeä pääkaupunki hänen vihollisensa; ja lopuksi hän aiheutettu murskaus tappion (2. joulukuuta 1805) yhdistetyn venäjän ja Itävallan armeijoita Austerlitz Määrissä (nykyinen tšekin Tasavalta)., Ennen vuodenvaihdetta Frans II joutui allekirjoittamaan Pressburgin nöyryyttävän sopimuksen (26. joulukuuta), joka päätti hänen hallitsijasukunsa hallitsevan aseman Saksan asioissa. Hän joutui luovuttamaan omaisuutensa Länsi-Saksassa Württembergille ja Badenille sekä Tirolin provinssin Baijerille. Napoleonin strategia pelata ruhtinaallisesti keisarillisia tavoitteita vastaan oli osoittautunut loistavaksi menestykseksi. Hallitsijat toissijainen valtioiden etelä-oli tukenut häntä sodassa Itävaltaa vastaan, ja rauhan, joka seurasi, että he olivat rikkaasti palkitaan., Ei ainoastaan ne osuus saaliista takavarikoitiin Habsburgien, mutta he olivat myös sallittua imeä jäljellä oleva vapaa kaupungeissa, pikkumainen ruhtinaskuntia ja kirkolliset alueet. Lopuksi, väittää oikeudet täyden suvereniteetin, hallitsijat Baijerin ja Württembergin otti otsikko kuningas, kun hallitsijat Baden ja Hessen-Darmstadt tyytyivät enemmän vaatimaton sijoitus grand duke., Jäänteitä keisarillinen perustuslaki oli nyt tuhottu, ja Saksa oli valmis uuden poliittisen organisaation heijastaa valtasuhteita luodaan asevoimin.
kesällä 1806, 16 toissijainen todetaan, kannusti ja prodded Paris, ilmoitti, että he olivat muodostaen erillinen yhdistys tunnetaan Reinin liitto., Arkkipiispa Karl Theodor von Dalberg oli johtamaan uuden unionin kuin ”prinssi kädellinen”, kun taas tulevia keskusteluja jäsenten keskuudessa oli perustaa college of kings ja college princes kuin yhteisen lainsäädäntöelimet. Puhuttiin jopa” perussäännöstä”, joka toimisi uudistuneen Saksan perustuslakina. Silti kaikki nämä rohkeat suunnitelmat eivät koskaan olleet muuta kuin julkisivu muukalaishegemonian karulle todellisuudelle Saksassa., Napoleon oli julistanut ”suojelija” ja Reinin liitto ja pysyvä liitto jäsenvaltioiden välillä ja ranskan Empire velvollinen entinen ylläpitää merkittäviä sotilaallisia joukkoja varten keskinäinen puolustus. Ei ole epäilystäkään, kenen etuja nämä joukot palvelisivat. Saksan toissijaisten hallitsijoiden odotettiin osoittavan komean kunnianosoituksen Pariisille vasta hankitusta valeherruudesta., Elokuun 1 confederated states julisti niiden irtautumisesta empire, ja viikkoa myöhemmin, 6. elokuuta 1806, Francis II ilmoitti, että hän oli annettu keisarillisen kruunun. Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan historia päättyi näin virallisesti tuhatvuotisen historian jälkeen.