a béke rövid életűnek bizonyult, azonban 1798 végén új koalíció alakult Franciaország ellen (a második Koalíció háborúja, 1798-1802). Ezúttal Poroszország semleges maradt. Frederick William III, lelkiismeretes, szerény, de nem hatékony uralkodó volt figyelemre méltó a magánerkölcs helyett a politikai készség. A berlini kormány oda-vissza sodródott, kisebb gazdasági és közigazgatási reformokat hajtott végre anélkül, hogy jelentősen javította volna az állam szerkezetét., Egy évtizednyi semlegesség tört el, míg a hadsereg parancsnokai Nagy Frigyes babérjain pihentek. Ausztria viszont ugyanolyan vezető szerepet játszott a második Koalíció háborújában, mint az első Koalíció háborújában, ugyanolyan szerencsétlen eredménnyel. A Marengo-i Francia győzelmek (1800. június 14.) és Hohenlinden (1800. December 3.) arra kényszerítették II.Ferenc császárt, hogy elfogadja a lunéville-i Szerződést (1801. február 9.), amely megerősítette a Rajna-vidék átadását., Sőt, azok az uralkodók, akik a béke feltételei szerint elvesztették vagyonukat a bal parton, kártérítést kaptak a birodalom más részein. A terület újraelosztásának végrehajtása érdekében a császári étrend a hercegek Bizottságát, a Reichsdeputációt bízta meg azzal a feladattal, hogy új térképet rajzoljon Németországról. Franciaország azonban nagy befolyást gyakorolt a tanácskozásokra. Napóleon elhatározta, hogy kihasználja a területi igények rendezését, hogy alapvetően megváltoztassa a Szent Római Birodalom szerkezetét., Az eredmény az volt, hogy az 1803.februári Reichsdeputáció Utolsó szünete (Hauptschluss) a régi rend végét jelentette Németországban. A Rajnától keletre fekvő műholdas Államok láncának létrehozására irányuló kísérletükben a francia diplomaták Németország legkisebb és legkevésbé életképes politikai összetevőinek felszámolását hozták létre. Ezzel tovább fokozták a nemzeti konszolidáció folyamatát is, mivel a polgári hatalom széttöredezettsége a birodalomban a particularizmus támasza volt. Az, hogy Napóleon nem akarta ösztönözni a szomszédai közötti egységet, magától értetődik., Mégis akaratlanul előkészítette az utat egy németországi központosítási folyamathoz, amely segített meghiúsítani saját terveit Franciaország jövőbeli agrandizementjére.
a végső szünet fő áldozatai a szabad városok, a császári lovagok és az egyházi területek voltak. Több tucatnyian estek el. Túl gyenge ahhoz, hogy Napóleon hasznos szövetségesei legyenek, francia hódítóik törekvései és német szomszédaik kapzsisága pusztította el őket., Még mindig dicsekedhetnek ősi történelmükkel, mint a Szent Római Birodalom szuverén tagjai, de folyamatos létezésük összeegyeztethetetlen volt a hatékony kormányzattal Németországban. Birtokaik fő örökösei a nagyobb másodlagos államok voltak. Az biztos, hogy Napóleon nem tudta megakadályozni, hogy Ausztria és Poroszország némi hasznot húzzon az általuk segített területekért folytatott általános harcból. De azon dolgozott, hogy aggrandizálja azokat a német uralkodókat, akiknek többsége délen volt, akik elég erősek voltak ahhoz, hogy értékes vazallusok legyenek, de nem elég erősek ahhoz, hogy potenciális fenyegetések legyenek., Bajorország, Württemberg, Baden, Hesse-Darmstadt és Nassau volt a legnagyobb nyertese a tárgyalásoknak. Napóleon stratégiája a francia diplomácia klasszikus hagyománya, Richelieu és Mazarin hagyománya volt. A hercegeket a császár ellen támadták, hogy fokozzák Párizs szerepét a német államok ügyeiben. A német fejedelmek azonban nem nehezményezték, hogy gyalogként használják egy politikai játékban egy idegen hatalom érdekeinek előmozdítására., Bármilyen kifogást is emeltek az 1803-as rendezés ellen, az a célszerűségen és az opportunizmuson alapult. A régi rend legsúlyosabb vádja az volt, hogy a közelgő összeomlás órájában egyik uralkodó sem próbálta megvédeni azt Németország általános jólétének nevében.
a végső szünet a Szent Római Birodalom bukásának utolsó felvonása volt. A vége Három évvel később jött. 1805-ben Ausztria csatlakozott a nagyhatalmak harmadik koalíciójához, amelynek célja Franciaország túlsúlyának csökkentése (ami a harmadik koalíció háborúját eredményezte,1805-07)., Ennek a háborúnak a kimenetele még katasztrofálisabb volt, mint az első és a második Koalíció háborúi. Napóleon a németországi Habsburg fő hadsereget Ulmban (1805.október 17.) való megadásra kényszerítette, majd Bécsre ereszkedett, elfoglalva ellensége büszke fővárosát; végül zúzó vereséget okozott (1805. December 2.) a morvaországi Austerlitz-ban (ma a Cseh Köztársaságban) az együttes orosz és osztrák hadseregre., Az év vége előtt Francis kénytelen volt aláírni a megalázó Pressburg-szerződést (December 26), amely véget vetett a dinasztia domináns szerepének Németország ügyeiben. Birtokait Nyugat-Németországban württembergnek és Badennek, Tirol tartományban pedig Bajorországnak kellett átadnia. Napóleon birodalmi ambíciókkal szembeni fejedelmi játékstratégiája ragyogó sikernek bizonyult. A déli másodlagos államok uralkodói támogatták őt az Ausztria elleni háborúban, az ezt követő békében pedig gazdagon jutalmazták őket., Nemcsak a Habsburgok zsákmányában osztoztak, hanem a megmaradt szabad városokat, kisebb fejedelemségeket és egyházi területeket is átvehették. Végül a teljes szuverenitás jogának érvényesítésével Bajorország és Württemberg uralkodói átvették a király címet, míg Baden és Hesse-Darmstadt uralkodói elégedetlenek voltak a nagyherceg szerényebb rangjával., A császári alkotmány utolsó maradványait most megsemmisítették, Németország pedig készen állt egy új politikai szervezet formájára, amely tükrözi a fegyvererő által létrehozott hatalmi kapcsolatokat.
1806 nyarán a Párizs által támogatott és támogatott másodlagos államok közül 16 bejelentette, hogy önálló szövetséget hoznak létre a Rajna Konföderációjaként., Érsek Karl Theodor von Dalberg volt, hogy elnököl az új unió, mint a “herceg prímás,” míg a jövőbeni munkájához a tagok között volt, hogy létrehoz egy college of kings, valamint a főiskola a fejedelmek, mint a közös jogalkotó szervek. Még egy “alapszabályról” is beszéltek, amely a megfiatalított Németország alkotmányaként szolgálna. Mindezek a bátor tervek azonban soha nem voltak több, mint egy homlokzat az idegen hegemónia kemény valóságához Németországban., Napóleont a Rajnai Konföderáció “védelmezőjének” nyilvánították, és a tagállamok és a francia birodalom közötti állandó Szövetség kötelezte az előbbieket arra, hogy kölcsönös védelem céljából jelentős katonai erőket tartsanak fenn. Nem lehet kétséges, hogy kinek az érdekeit szolgálják ezek a csapatok. Németország másodlagos uralkodóitól elvárták, hogy szép tiszteletet adjanak Párizsnak az újonnan megszerzett hamis szuverenitásukért., Augusztus 1-jén a Konföderációs Államok kikiáltották elszakadásukat a birodalomtól, majd egy héttel később, 1806.augusztus 6-án II. Ferenc bejelentette, hogy leteszi a császári koronát. A Szent Római Birodalom így hivatalosan véget ért ezer éves történelem után.