Amin 1968-ra az Obote és Amin közötti kapcsolat megromlott, mivel ez utóbbi érdeklődést mutatott a fiatal képzett katonatisztek iránt és a félkatonai egységek létrehozásában. Az Obote elleni 1969-es merényletkísérlet és Amin gyanús viselkedése ezt követően tovább szélesítette a két férfi közötti szakadékot. Ezek a hadosztályok még nyilvánvalóbbá váltak, amikor Amin jogosulatlan segítséget nyújtott a szudáni kormány ellen harcoló lázadóknak., E konfliktusok fényében nem világos, hogy Obote miért támogatta aminot 1970-ben a vezérkari főnökvé, olyan pozícióba, amely hozzáférést biztosított a fegyveres erők minden aspektusához. Amin 1971.január 25-én megdöntötte Obote kormányát.
ugandaiak örömmel üdvözölte Amin. Kiemelkedő karizmatikus figura volt, mégis elég egyszerű ahhoz, hogy kezet fogjon a hétköznapi emberekkel, és részt vegyen a hagyományos táncokban; bájos, informális és rugalmas volt: és mivel különböző etnikai csoportokból származó nőket vett feleségül, nacionalistának tekintették., Népszerűsége nőtt, amikor megengedte Kabaka testének királyi temetésre való visszatérését, technokraták kabinetjét nevezte ki, feloszlatta Obote titkosrendőrségét, amnesztiát adott a politikai foglyoknak, és biztosította az Ugandaiakat, hogy visszaadja a hatalmat a civileknek.
ebben az eufórikus időszakban Amin másik személyisége kezdett kialakulni: könyörtelen, szeszélyes, ravasz, ravasz és tökéletes hazug., A” gyilkos osztagai ” szisztematikusan felszámolták Obote támogatóit ,és meggyilkoltak két amerikait (Nicholas Stroh és Robert Siedle), akik az Uganda nyugati részén található Mbarara laktanyában történt mészárlásokat vizsgálták. Világossá vált, hogy Amin látszólagos barátságossága, buffoonery és clowning csak egy maszk volt, hogy elrejtse a szörnyű brutalitást.
1972-ben kegyetlenül megtámadta az izraelieket és a briteket, akik korábban közeli külföldi szövetségesei voltak. A vita csontja az volt, hogy képtelen volt fegyvereket szerezni ezekből az országokból., Miután a líbiai Muammar Kadhafi beleegyezett, hogy segít, Amin azonnal kiutasította az izraelieket és 50 000 ázsiait, akik Brit útlevelekkel rendelkeztek. Az ázsiai kereskedők hirtelen kiutasítása nemcsak tönkretette Uganda egykor virágzó gazdaságát,hanem negatív nemzetközi imázst is szerzett.
1972 és 1979 között Amin legfontosabb politikája az volt, hogy bármi áron hatalmon maradjon. Bár kifelé nézve bátornak tűnt, Amin gyáva volt. Például 1978-ban megrémült, amikor egy történet keringett, hogy egy “beszélő teknős” megjósolta bukását., Folyamatosan cserélt testőröket, menetrendezőket, járműveket, alvóhelyeket. Kuszált életmódja lehetővé tette számára, hogy több lehetséges alvóhelye legyen. Egy időben négy felesége volt, és több mint 30 szeretője volt. Gyakori átszervezéssel irányította a hadsereget. A védelmi vezérkari főnök erőteljes pozícióját eltörölték, helyébe a hadsereg, a levegő és az ejtőernyős parancsnokok léptek. Hasonlóképpen, amikor elhagyta az országot, több emberből álló védelmi tanácsra bízta a hatalmat, megnehezítve az ellenfelek számára, hogy ellene cselekedjenek., Emellett felszabadította erőit azáltal, hogy ingyen whiskyt, magnót, drága autókat, gyors promóciókat és jövedelmező üzleteket adott nekik, amelyek korábban ázsiai kereskedők tulajdonában voltak.