a neandervölgyiek és az anatómiailag modern emberek (AMH) közötti esetleges keresztezés kérdését az 1990-es évek korai archaeogenetikai tanulmányai óta vizsgálták. 2006-ban még nem találtak bizonyítékot a keresztezésre. 2009-ben az Altai egyén teljes genomjának körülbelül egyharmadát még mindig úgy jelentették, hogy “nincs jele a keverésnek”., A neandervölgyieknél nem találták meg az Afrikán kívüli közös mikrocefalin változatát, amely neandervölgyi eredetű volt, és felelős az emberek gyors agynövekedéséért. Nem volt egy nagyon régi MAPT változat sem, amely elsősorban az európaiakban található.
A keverék pozitív bizonyítékait először 2010 májusában tették közzé. A neandervölgyi öröklött genetikai anyag minden nem Afrikai populációban megtalálható, és eredetileg a genom 1-4 százalékáról számoltak be. Ezt a frakciót később 1,5-2,1 százalékra finomították.,
becslések szerint a neandervölgyi DNS 20 százaléka jelenleg a modern emberekben él.A keratin, a bőr, a haj és a körmök fehérjeösszetevőjének előállításában részt vevő Modern emberi gének különösen magas szintű introgresszióval rendelkeznek.Például a kelet-ázsiaiak körülbelül 66% – a Tartalmaz egy Pouf23l változatot, amelyet neandervölgyiek vettek fel, míg az európaiak 70% – a rendelkezik a BNC2 introgresszált alléljával. A neandervölgyi változatok számos betegség, köztük a lupus, az epe cirrhosis, a Crohn-betegség, a 2-es típusú cukorbetegség és a súlyos COVID-19 kialakulásának kockázatát befolyásolják., A allél az MC1R, amely eredetileg kapcsolódik, vörös haja a Neander-völgyiek nem található Európaiak, de jelen van a Tajvani Helyi frekvencián 70%, a mérsékelten magas frekvenciákat más Kelet-Ázsiai populációk; ezért igazából nincs bizonyíték, hogy a Neandervölgyiek is vörös haja volt., Míg keresztezni tekinthető, a legtöbb szereti kimutatni értelmezése, ezek a genetikai megállapítások, a 2010-es tanulmány még mindig nem lehet egyértelműen kizárni, hogy egy alternatív forgatókönyv, amelyben a forrás lakosság nem-Afrikai modern emberek már több, szorosan kapcsolódó, hogy a Neandervölgyiek, mint a többi Afrikaiak voltak, mert az ősi genetikai megosztottsága, Afrika.,
Le Moustier Neanderthal skull reconstituation, Neues Museum Berlin
2010 óta végzett kutatások finomították a neandervölgyiek, a Deniszovaiak és az anatómiailag modern emberek közötti keresztezés képét.Úgy tűnik, hogy a keresztezés aszimmetrikusan történt a modern emberek ősei között, és hogy ez lehetséges indoka a neandervölgyi-specifikus DNS különböző gyakoriságának a modern emberek genomjaiban., Vernot and Akey (2015) arra a következtetésre jutott, hogy a kelet-ázsiai származású egyének genomjaiban a neandervölgyi-specifikus DNS viszonylag nagyobb mennyisége (mint az európai származásúak) nem magyarázható a kiválasztás különbségeivel. Továbbá javaslom, hogy a “két további demográfiai modellek, amelyekben akár egy második impulzus Neandertal gén áramlik a őseink a Kelet-Ázsiaiak, vagy hígítás Neandertal vonalak segítségével az Európaiak által keveredés egy ismeretlen ősi lakosság” vagy szereti kimutatni az adatokat., Hasonló következtetésekre jutott Kim and Lohmueller (2015): “feltételezték, hogy a neandervölgyi ősök nagyobb aránya a Kelet-ázsiaiaknál, mint az európaiaknál, annak a ténynek köszönhető, hogy a szelekció tisztítása kevésbé hatékony a gyengén káros Neandertális allélok eltávolításában a kelet-ázsiai populációkból. A szelekciós és demográfiás modellek széles skálájának szimulációit felhasználva megmutattuk, hogy ez a hipotézis nem számolhatja el a neandervölgyi ősök nagyobb arányát a Kelet-ázsiaiaknál, mint az európaiaknál., Ehelyett bonyolultabb demográfiai forgatókönyvekre van szükség, amelyek valószínűleg több neandertális keverék impulzusát tartalmazzák, az adatok magyarázatához.”
Khrameeva et al. (2014), egy német-orosz-kínai együttműködés, konszenzusos neandervölgyi genomot állított össze az Altai egyén és három Vindjia egyén genomja alapján. Ezt a konszenzusos csimpánz genomhoz hasonlították, mint tizenegy modern populáció (három afrikai, három kelet-ázsiai, három európai) genomját., A nem afrikaiak neandervölgyi genomjához való szignifikánsan nagyobb hasonlóság megerősítésén túl, mint az afrikaiaknál, a tanulmány különbséget talált a neandervölgyi eredetű helyek eloszlásában az európaiak és a kelet-ázsiaiak között, ami a közelmúltbeli evolúciós nyomásokra utal. Az ázsiai populációk az immun-és vérképzőszervi útvonalakhoz kapcsolódó funkcionális csoportokban klaszterezést mutattak, míg az európaiak a lipid katabolikus folyamathoz kapcsolódó funkcionális csoportokban klaszterezést mutattak.
bizonyíték AMH keveredés neandervölgyiek nagyjából 100.000 évvel ezelőtta kuhlwilm et al. (2016).,
legalább három interbreeding epizód volt. Az első nem sokkal azután történt volna, hogy néhány modern ember elhagyta Afrikát. A második azután történt volna, hogy az ősi melanéziaiak elágaztak—ezek az emberek úgy tűnik, hogy ezt követően Denisovánokkal tenyésztették őket. A harmadik a neandervölgyiek és a kelet-ázsiaiak ősei voltak.
egy 2016-os tanulmány bizonyítékot szolgáltatott arra vonatkozóan, hogy a neandervölgyi hímek nem rendelkeztek életképes hímivarú utódokkal AMH nőstényekkel.Ez megmagyarázhatja, hogy eddig miért nem találtak modern embert neandervölgyi Y kromoszómával.,
egy 2018-as tanulmány arra a következtetésre jutott, hogy a neandervölgyiek és a modern emberek közötti keresztezés kezdetben az egyes fajok ismeretlen vírusoknak való kitettségéhez vezetett. Később a gének cseréje is rezisztenciát adott ezeknek a vírusoknak.
2020. július 3-án a tudósok arról számoltak be, hogy a Covid-19 vírus egyik fő genetikai kockázati tényezője 60 000 évvel ezelőtt öröklődött az archaikus Neandervölgyiektől. A becslések szerint az európaiak 16% – a, A dél-ázsiaiak 50% – a rendelkezik a III.kromoszómán meghatározott szekvenciával, a bangladesiek 63% – A rendelkezik ezekkel a génszekvenciákkal., Az afrikaiak, a közel-keletiek és a kelet-ázsiaiak nagyon elhanyagolható mennyiségben jelentették a kromoszóma jelenlétét.