jászapáti, az első telepesek az 1732 Peter István, akinek a “legnagyobb titokban” vásároltak 1747-ben Robert Harper, akik számára a város neve. 1750 körül Harper szabadalmat kapott 125 hektáron (0,5 km2) a város jelenlegi helyén. 1761-ben Harper kompot létesített a Potomac folyón keresztül, így a város kiindulópontja lett a Shenandoah-völgybe és nyugatról érkező telepeseknek. 1763-ban a Virginiai Közgyűlés létrehozta ” Shenandoah Falls at Mr., Harper Kompja.”
1783.október 25-én Thomas Jefferson meglátogatta a Harpers Ferry-t. A “The passage of the Potomac though the Blue Ridge” – et egy szikláról nézte, amelyet most róla neveztek el. Jefferson az oldalt ” talán az egyik leghülyébb jelenetnek nevezte a természetben.”
George Washington, mint a Patowmack Társaság elnöke (amely a Potomac és mellékfolyóinak folyami fejlesztéseinek befejezésére jött létre) 1785 nyarán Harpers Ferry-be utazott, hogy meghatározza az elkerülő csatornák szükségességét., 1794-ben Washington megismerte a területet, és javaslatot tett egy új amerikai fegyverraktárra és arzenálra. Washington családjának egy része a területre költözött; Charles Washington, az elnök legfiatalabb teljes testvére, megalapította Charles Town városát, mintegy hat mérföldre délnyugatra. Washington elnök ük-ük-unokaöccsét, Lewis Washington ezredest túszul ejtették John Brown 1859-es rajtaütése során.
1796-ban a szövetségi kormány vásárolt egy parcellát Robert Harper örököseitől, majd három évvel később megkezdődött az építkezés az amerikai Fegyverraktáron és az arzenálon a Harpers Ferry-nél., 1801 és 1861 között, amikor megsemmisítették, hogy megakadályozzák az elfogást a polgárháború alatt, a fegyverzet több mint 600 000 muskétát, puskát és pisztolyt gyártott. Az iparosítás 1833-ban folytatódott, amikor a Chesapeake & Ohio Canal elérte a Harpers Ferry-t, összekapcsolva azt Washingtonnal, egy évvel később a Baltimore & Ohio Railroad vonatszolgálatot indított a városon keresztül.
1859.október 16-án a radikális abolicionista John Brown 21 emberből álló csoportot vezetett az arsenal elleni támadásban., Brown és emberei több épületet megtámadtak és foglyul ejtettek; remélte, hogy az elfogott fegyverekkel rabszolgalázadást indít Dél-szerte. John Brown embereit a helyi polgárok és a milícia gyorsan elfogták, és a fegyverraktárhoz közeli motorházban kellett menedéket találniuk. Az amerikai tengerészgyalogosok kontingense, Robert E. Lee alezredes vezetésével, megrohamozta a gépházat, és elfogta a fosztogatók nagy részét, megölve néhányat és egyetlen áldozatot is elszenvedve. Brownt hazaárulás vádjával állították bíróság elé a Virginiai Nemzetközösség ellen, elítélték és felakasztották Charles Townban., A razzia a polgárháború katalizátora volt.
a polgárháború katasztrofális volt a hárfás komp számára, amely 1861 és 1865 között nyolcszor cserélt gazdát. Amikor Virginia 1861 áprilisában elszakadt, az amerikai helyőrség megpróbálta elégetni az arzenált és megsemmisíteni a gépeket, hogy megakadályozza a konföderációk használatát. A helyiek megmentették a felszerelést, amelyet a Konföderációs Hadsereg Richmond fővárosában biztonságosabb helyre továbbított. Az amerikai hadsereg soha nem újította meg a Harpers Ferry fegyvergyártását.,
a polgárháború befejezése után, 1867-ben a történelmileg fekete raktárépületet Nathan szakács Brackett tiszteletes alapította a Camp Hill-en. Figyelemre méltó öregdiákok közé tartozik a jazz legenda Don Redman, valamint a nigériai szövetségi köztársaság első elnöke, Nnamdi Azikiwe. A Storer College 1955 júniusában bezárt, az egyetem ma a Harpers Ferry Nemzeti Történelmi Park része.
1906. augusztus 15-én a Niagara mozgalom, melyet W. E. B. Du Bois író és tudós, valamint William Monroe Trotter politikai aktivista vezetett, első találkozóját amerikai földön tartotta a Storer College campusán., A háromnapos összejövetelt, amelyet az afro-amerikaiak polgári jogainak biztosítása érdekében tartottak, DuBois később “az egyik legnagyobb találkozó, amelyet az amerikai négerek valaha tartottak.”1911-ben a Niagara Mozgalom tagjai csatlakoztak másokhoz, hogy létrehozzák a színes emberek, a NAACP néven ismert nemzeti szövetséget.
1944-ben a város nagy része a Nemzeti Park Szolgálat részévé vált, és ma a hárfás komp Nemzeti Történelmi parkként működik., Minden területen a város nem a parkban található a szövetségi elismert Harpers Ferry Historic District.