Az őslakosok marginalizálódtak Mexikóban, mióta Spanyolország 1519-ben gyarmatosította a régiót. A betegség, a rabszolgaság és a kizsákmányolás számos amerikai őslakos közösséget érintett és pusztított el, és a gyarmatosítás hatásai továbbra is hatással voltak a Mexikói őslakos közösségekre. Az őslakosok Mexikó lakosságának 15% – át teszik ki, és 2011-ben a demográfiai adatok is a Mexikói népesség 18% – ának többségét tették ki, akik élelmiszer-bizonytalansággal élnek., Mexikó legdélibb Chiapas állama az ország teljes őslakos népességének mintegy 13% – át tartja, és Guerrero állam után a második legmagasabb szegénységi rátával is rendelkezik. Mintegy fele a bennszülött lakosság Chiapas számolt be nincs jövedelem a 2010-es népszámlálás további 42% – át az egyének kereső kevesebb, mint $5 egy nap. Az államban élő őslakosokat az alultápláltság, valamint az egészségügyi és oktatási szolgáltatásokhoz való korlátozott hozzáférés is befolyásolta., Gazdasági elnyomás is látható az 1950-es években, amikor a Bennszülött emberek voltak, tudtak belépni a San Cristobal város határain, ehelyett volt eladni a tárgyakat, hogy a közvetítők az értékek jóval alacsonyabb, mint a tényleges elemek ér.
a Tlatelolcói mészárlást követően a mexikói kormány továbbra is elnyomta a politikai mozgósítás és a társadalmi szerveződés eseteit az úgynevezett piszkos háború részeként. A kormányzati üldözés veszélye ellenére a campesino szervezetek, valamint a kis fegyveres csoportok Chiapasban az 1970-es években kezdtek kialakulni., A térség őslakos ellenállásának visszaszorítására tett erőfeszítéseiben a mezőgazdasági és földtulajdonosok olyan félkatonai erőket hoztak létre, amelyeket a mexikói kormány támogatott, hogy erőszakosan viszonozzanak a potenciális őslakos ellenállással szemben. Ugyanabban az időben, sok bennszülött egyének néven guerrilleros alakult kis fegyveres militáns csoportok válaszul üldözés, amelyek közül az egyik lett a EZLN.,
Carlos Salinas 1988-ban Mexikó elnökévé választották, és bár megígérte, hogy kormányzati támogatást fog igénybe venni a szegény államok, például Chiapas támogatására, a lakosok soha nem látták az intézményi Forradalmi Párt által ellenőrzött pénzt. Az EZLN lázadásra vonatkozó döntésének katalizátora a Mexikói 1917-es forradalmi alkotmány 27. cikkének 1991. évi felülvizsgálata volt. A 27. cikk szerint az őshonos kommunális földtulajdonokat vagy ejidókat védették az eladástól vagy a privatizációtól. A 27. cikk eltörlésével az őslakos gazdák attól tartottak, hogy elvesztik maradék földjeiket és olcsó importot hoznak az USA-ból., A lázadás előtti évben az EZLN Marcos (Angolul “Subcomandante”) – t jelölte meg a felkelés ideológiai vezetőjének, valamint azt is tervezte, hogy háborút hirdet Mexikó állam ellen. Marcos egyedülálló volt a vezetésében, mert a felkelés résztvevőinek többségével ellentétben etnikai hovatartozása Mestizo volt, nem pedig őslakos. EZLN 1994. január 1-jén háborút hirdetett a mexikói állam ellen, hogy tiltakozzon a NAFTA végrehajtása ellen.