IMGT Klassen der 20 gewöhnlichen Aminosäuren
IMGT ‚Physikochemische‘ Klassen der 20 gemeinsamen Aminosäuren
Elf IMGT ‚Physikochemische‘ Klassen der 20 gemeinsamen Aminosäuren wurden durch die physikochemischen Eigenschaften ihrer Seitenketten definiert (Abbildung 1) .,
Diese standardisierten Klassen werden in IMGT® – Datenbanken und-Tools zur Beschreibung von Veränderungen der Aminosäureklasse in Mutationen und Protein-Engineering verwendet.
Abbildung 1: Die 11 IMGT ‚Physikochemischen‘ Klassen der 20 gängigen Aminosäuren .,
‚Hydropathy‘
| I | V | L | F | C | M | A | W (1) | G | T | S | Y | P | H | N | D | Q | E | K | R |
| 4.5 | 4.2 | 3.8 | 2.8 | 2.5 | 1.9 | 1.8 | -0.,9 | -0.4 | -0.7 | -0.8 | -1.3 | -1.6 | -3.2 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.9 | -4.,5 |
| HYDROPHOB | NEUTRAL | HYDROPHIL | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Aminosäuren sind von den hydrophobsten, Isoleucin (I, auf der linken Seite) bis zu den hydrophilsten, Arginin (R, auf der rechten Seite), nach der Kyte-Doolitle-Skala .
(1) Tryptophan wurde trotz seines Wertes von -0,9 auf der Kyte-Doolittle-Skala in die IMGT-Klasse „hydrophob“ eingestuft, da es am hydrophoben Kern der Strukturdomänen beteiligt ist.,
‚Volumen‘
Aminosäuren sind von der kleinsten (G) bis zur größten (W) geordnet.
‚Chemisch‘
‚Ladung‘
Die Sulfhydrylgruppe von Cystein und die Phenolhydroxylgruppe von Tyrosin zeigen einen gewissen Grad an pH-abhängiger Ionisation.
‚Wasserstoffspender-oder Akzeptoratome‘
Es gibt 4 IMGT-Klassen ‚Wasserstoffspender-oder Akzeptoratome‘. Aminosäuren, die in jeder Klasse werden in der Reihenfolge der Tabelle 2:
- Donor (R, K, W).
- Akzeptor (D, E).
- Donor-und Akzeptor – (N, Q, H, S, T, Y).
- „None“ (A, C, G, I, L, M, F, P,V).,