Agamemnon samlet den motvillige greske styrker for å seile for Troy. Forberede seg til å reise fra Aulis, en port i Boeotia, Agamemnon ‘ s army pådratt seg vrede av gudinnen Artemis. Det er flere grunner til hele myte for en slik vrede: i Aeschylus’ play Agamemnon, Artemis er sint for de unge menn som vil dø i Troy, mens i Sophocles’ Electra, Agamemnon har drept et dyr hellig for Artemis, og senere skrøt av at han var Artemis’ lik i jakt., Ulykker, inkludert en pest og en mangel på vind, og hindret hæren fra seiling. Til slutt, profeten Calchas annonsert at wrath of the goddess bare kunne propitiated ved ofringen av Agamemnon datter Iphigenia.,
Achilles’ overgivelse av Briseis til Agamemnon, fra Huset til den Tragiske Poet i Pompeii, fresco, 1. århundre E.KR., nå i Napoli Nasjonale Arkeologiske Museum
Klassisk dramatiseringer forskjellige på hvor villig enten far eller datter var til denne skjebnen; noen har slikt lureri som hevder hun ble gift med Achilles, men Agamemnon gjorde slutt offer Iphigenia. Hennes død fornøyde Artemis, og den greske hæren satt ut for Troy., Flere alternativer til den menneskelige offer som har blitt presentert i gresk mytologi. Andre kilder, for eksempel Iphigenia i Aulis, si at Agamemnon var forberedt på å drepe sin datter, men at Artemis akseptert en hjort i hennes sted, og tatt henne bort til Tauris i Krim-Halvøya. Hesiod sa hun ble gudinnen Hecate.
Agamemnon var commander-in-chief av Grekerne i den Trojanske Krigen. Under kampene, Agamemnon drept Antiphus og femten andre Trojan soldater, ifølge en kilde., Men i den Iliad seg selv, han er vist å slakte hundrevis mer i Bok 11 i løpet av sin aristea løst oversatt til «day of glory», som er mest lik Achilles’ aristea i Boken 21 (de begge er i forhold til løver og ødeleggende branner i kamp, deres hender er beskrevet som «splattered med gore» og «invincible» Trojanere flykte til veggene, de begge er anket til med en av sine ofre, de er begge unngås ved Hector, de både få såret i armen eller hånden, og begge drepe den som såret dem)., Selv før han aristea, Agamemnon ble ansett for å være en av de tre beste krigerne på den greske siden som bevist når Hector utfordringer noen mester på gresk side for å bekjempe ham i Bok 7, og Agamemnon (sammen med Diomedes og Ajax Større) er en av de tre mest ønsket å møte ham ut av de ni sterkeste greske krigere som meldte seg frivillig. Og etter at de forlikt, selv Achilles innrømmer i Boken at 23 Agamemnon er «best i styrke og i å kaste spyd.,»Som hevder er ytterligere bevist ved det faktum at Agamemnon var den eneste store kriger på hver side aldri til å trenge gudenes direkte inngripen for å øke sin styrke eller gi ham noen urettferdige fordeler i kamp og likevel er han fortsatt forårsaket utrolige ødeleggelser nesten på omfanget av Achilles.
Den Iliad forteller historien om striden mellom Agamemnon og Achilles i det siste året av krigen. Følgende en av de Achaean Hærens angrep, Chryseis, datter av Chryses, en av Apollo er prester, ble tatt som en krig prisen av Agamemnon., Chryses tryglet Agamemnon til å frigjøre sin datter, men ble møtt med liten suksess. Chryses deretter ba til Apollo for trygg retur av sin datter, som Apollo svart på ved å slippe løs en pest over Achaean Hæren. Etter å lære fra Profeten Calchas at pesten kan splittes ved å returnere Chryseis til sin far, Agamemnon motvillig (men først kritiserer Calchas for tidligere å tvinge Agamemnon til å ofre sin datter Iphigenia) og gitt ut sin premie. Men som kompensasjon for sin tapte premie, Agamemnon krevde en ny premie., Han stjal en attraktiv slave kalt Briseis, en av krigsbyttet, fra «Achilles».
I respons til å bli fratatt Briseis, Achilles trakk seg fra kampen og sette den greske hærer i fare for å tape krigen. Agamemnon, har realisert Achilles er viktigheten i å vinne krigen mot den Trojanske Hær, sendte ambassadører tigge for Achilles å gå tilbake, og tilbyr ham rikdom og hånden hans datter i ekteskap, men Achilles nektet, bare blir ført tilbake inn i handlingen når Patroclus ble drept i slaget ved Hector, eldste sønn av Kong Priam og Dronning Hecuba.,
Selv om det ikke er like av Achilles i mot, Agamemnon var en representant for «kongelig myndighet». Som commander-in-chief, han kalte hovdingane til rådet og ledet hæren i kamp. Sjefen hans feil var hans overveldende hovmod; en over-opphøyet oppfatning av sin posisjon som førte ham til fornærmelse Chryses og Achilles, og dermed bringe stor katastrofe på Grekerne.
Etter at du har tatt av Troy, Cassandra, dømt debora og datter av Priam, falt til Agamemnon er mye i fordelingen av premiene av krigen.