Harpers Ferry ble først avgjort i 1732 av Peter Stephens, som «husokkupant rettigheter» ble kjøpt i 1747 av Robert Harper, som byen ble kalt. I ca 1750 Harper ble gitt patent på 125 dekar (0.5 km2) på den nåværende plasseringen av byen. I 1761 Harper etablert en ferge over Potomac-Elven, noe som gjør byen et utgangspunkt for nybyggere på vei inn i Shenandoah Valley og lenger vest. I 1763 Virginia årsmøtet etablert byen «Shenandoah Faller på Mr., Harper ‘ s Ferry.»
På 25 oktober 1783, Thomas Jefferson besøkte Harpers Ferry. Han har sett «the passage of the Potomac om Blue Ridge» fra en stein som nå er oppkalt etter ham. Jefferson kalte området «kanskje en av de mest overveldende scener i naturen.»
George Washington, som president for Patowmack Selskapet (som ble dannet for å fullføre river forbedringer på Potomac-og dens sideelver), reiste til Harpers Ferry i løpet av sommeren 1785 å avgjøre behovet for bypass-kanalene., I 1794 i Washington ‘ s kjennskap til området førte ham til å foreslå siden for en ny Usa armory og arsenal. Noen av Washingtons familien flyttet til området, Charles Washington, yngste full bror av President, grunnla byen i Charles Town, rundt seks kilometer sørvest. President Washington er stor-stor-nevø, Oberst Lewis Washington, ble holdt som gissel i løpet av John Brown ‘ s raid i 1859.
I 1796 den føderale regjeringen kjøpte en parsell fra arvinger av Robert Harper, og tre år senere, begynte byggingen på OSS Armory og Arsenal i Harpers Ferry., Mellom 1801 og 1861, da det ble ødelagt for å hindre fange under borgerkrigen, armory produsert mer enn 600.000 musketter, rifler og pistoler. Industrialisering fortsatte i 1833 når Chesapeake & Ohio Canal nådd Harpers Ferry, og knytter det til Washington, D.C., ET år senere, Baltimore & Ohio Jernbanen begynte toget gjennom byen.
På 16 oktober 1859, den radikale abolisjonistiske John Brown ledet en gruppe av 21 menn i et raid på arsenal., Brown og hans menn angrep og erobret flere bygninger, håpet han å bruke den digitaliserte våpen for å starte en slave opprøret i hele Sør. John Browns menn ble raskt låst ned av lokale innbyggere og milits, og tvunget til å ta tilflukt i motoren hus i tilknytning til våpenhus. En betinget av AMERIKANSKE Soldater, ledet av daværende Oberstløytnant Robert E. Lee, stormet motor huset og tatt de fleste av raiders, å drepe noen, og lider et enkelt havari seg selv. Brown ble stilt for retten for forræderi mot delstaten Virginia, dømt og hengt i Charles Town., Raid var en katalysator for borgerkrigen.
borgerkrigen var katastrofal for Harpers Ferry, som skiftet hender åtte ganger mellom 1861 og 1865. Når Virginia forlot i April 1861, USA garnisonen forsøkte å brenne arsenal og ødelegge maskiner, for å hindre at de Konfødererte fra å bruke det. Lokalbefolkningen lagret utstyr, som den Konfødererte Hæren overført til et sikrere sted i hovedstaden Richmond. Den AMERIKANSKE Hæren aldri fornyet våpenproduksjon i Harpers Ferry.,
Etter slutten av borgerkrigen, i 1867, det historisk svart Storer College ble grunnlagt på Camp Hill med Pastor Nathan Lage mat Klamme. Bemerkelsesverdige alumni inkluderer jazz-legenden Don Redman, og den første Presidenten av den Føderale Republikken Nigeria, Nnamdi Azikiwe. Storer College stengt i juni 1955, og campus er nå en del av Harpers Ferry National Historical Park.
15. August 1906, Niagara Bevegelse, ledet av forfatter og forsker W. E. B. Du Bois og politisk aktivist William Monroe Trotter, holdt sitt første møte på Amerikansk jord på campus av Storer College., De tre-dagers samling, som ble holdt for å sikre sivile rettigheter for Afro-Amerikanere, ble senere beskrevet av DuBois som «en av de største møter som American Negroes gang holdt.»I 1911, medlemmer av Niagara Bevegelse sammen med andre for å danne National Association for the Advancement of Colored People, bedre kjent som NAACP.
I 1944 meste av byen ble en del av National Park Service og er nå opprettholdes som Harpers Ferry National Historical Park., Alle områder av byen som ikke innenfor nasjonalparken finnes i de føderalt-anerkjent Harpers Ferry Historic District.