IMGT klasser av de 20 vanligste aminosyrene
IMGT ‘Physicochemical’ klasser av de 20 vanligste aminosyrene
Elleve IMGT ‘Physicochemical’ klasser av de 20 vanligste aminosyrer har blitt definert av physicochemical egenskaper på sin side kjeder (Figur 1) .,
Disse standardiserte klasser er brukt i IMGT® databaser og verktøy for beskrivelse av aminosyren klasse endringer i mutasjoner og protein engineering.
Figur 1: 11 IMGT ‘Physicochemical’ klasser av de 20 vanligste aminosyrer .,
‘Hydropathy’
| I | V | L | F | C | M | A | W (1) | G | T | S | Y | P | H | N | D | Q | E | K | R |
| 4.5 | 4.2 | 3.8 | 2.8 | 2.5 | 1.9 | 1.8 | -0.,9 | -0.4 | -0.7 | -0.8 | -1.3 | -1.6 | -3.2 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.5 | -3.9 | -4.,5 |
| HYDROFOBE | NEUTRAL | HYDROFILE | |||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
aminosyrer er bestilt fra de hydrofobe en, Isoleucin (jeg, på venstre side) til de hydrofile en, Arginin (R, på høyre side), i henhold til Kyte-Doolitle skala .
(1) Tryptofan, til tross for sin verdien av -0.9 i Kyte-Doolittle skala, har blitt klassifisert i IMGT ‘hydrofobe’ – klassen, som det deltar i den hydrofobe kjerne av strukturelle domener.,
‘Volum’
aminosyrer er bestilt fra den minste (G) til den største (W).
‘Kjemiske’
‘Ansvaret’
sulfhydryl gruppe av cystein og fenoliske hydroksyl gruppe av tyrosin viser en viss grad av pH-avhengige ionisering.
‘Hydrogen giver eller godkjenner atomer’
Det er 4 IMGT ‘Hydrogen giver eller godkjenner atomer’ klasser. Aminosyrer i hver klasse ligger i den rekkefølgen av Tabell 2:
- Donor (R, K, W).
- Akseptor (D, E).
- Donor og godkjenner (N, Q, H, S, T, Y).
- Ingen (A, C, G, i, L, M, F, P,V).,