St. John O ‘ sullivan ble plassert ansvaret for misjonen i 1910, og på dette tidspunktet sin samfunnet var spredt og dens bygninger i ruiner. Han satt i ferd med å bygge opp menigheten samfunnet så vel som å gjenopprette de gamle anleggene. Oppdraget ble gitt full trangsynt status i 1918 som Oppgave Kirken San Juan Capistrano. Serra-Kapellet, den eldste stående i kirken i California, og den eneste bevarte bygning der St., Junipero Serra er kjent for å ha sagt Masse, ble brukt for tjenester, som Misjon er opprinnelige stein kirken ble ødelagt i en 1812 jordskjelv.
Ulike tiltak hadde blitt gjort for å gjenopprette kirken gjennom årene, men hadde bare forårsaket ytterligere skade. O ‘ sullivan, som ville tjene som prest til sin død i 1933, og hadde tenkt å lage en ny sognekirke modellert på den gamle steinkirke, men aldri realisert ideen sin. Den moderne tilfelle for en ny sognekirke ble tatt opp ved Fr. Paul Martin, som var oppkalt pastor i 1976., På denne tiden, er området Katolske befolkningen hadde vokst betydelig, og Serra Kapellet var utilstrekkelig til behovene i soknet.
bell tower i skumringen
Fundraising hadde startet av 1981, som omfatter pant-stasjoner og donasjoner fra oppdrag besøkende. Den første Messen i den nye bygningen ble tilbudt på Julen 1984, men bygg ikke ville bli ferdig for to år., Den første Messen i den nye kirken ble feiret på oktober 23, 1986, og bygningen ble offisielt innviet av Timothy Kardinal Manning på februar 8, 1987.