Den første av de tjueen California misjon, Mission San Diego de Alcalá er oppkalt etter det 15. århundre saint, Didacus av Alcalá, mer kjent som St. Diego. Grunnlagt av Far Junipero Serra på juli 16, 1769, det er her den spanske religiøse og politiske drøm om å starte en Alta California oppgave kjede første ble virkelighet.,
Opprinnelig ligger på en høyde med utsikt over bukten, en tørke i 1774 tvunget oppdraget fedre til å flytte Mission San Diego ca seks kilometer innover til sin nåværende plassering, nærmere San Diego-Elven, for å få tilgang til mer gunstig agricultural land og lokale Indiske landsbyer.
native Tipai-Ipai Indianerne var resistente mot kolonisering, og innen få uker etter at oppdraget er grunnleggende vold hadde resultert i dødsfall for både Indianere og misjonærer., I 1775, misfornøyd med regler og forskrifter, hundrevis av lokale Tipai Indianere angrepet oppdraget, forårsaker stor skade på bygningen og drepte Far Jayme, som skulle bli Californias første Kristne Martyr. Fryktet en annen raid, den padres gjenoppbygd oppdraget i henhold til spesifikasjonene i en hær fort.
Som oppgave befolkningen vokste, så også hadde behov for en større kirke. Fransiskanerne ansatt master mason Miguel Blanco å konstruere bygningen, noe som resulterer i en design anses gamle mote selv på tidspunktet for ferdigstillelse., Kirken har slående windows, bygget for høy beskyttelse fra intrudres, og også for å hindre dem fra å kollapse under vekten av bymurer. Når taket sprakk i 1811, store buttresses ble lagt til forsiden av oppdraget. Dette tillegg kom akkurat i tide – den ekstra støtten tillatt i oppdrag å overleve 1812 jordskjelv.
En av de mest slående trekk ved dette oppdraget er en 46 fot høy campanario, eller bell veggen, som har fem bjeller. Den største av disse bronse klokkene er oppkalt Mater Dolorosa, og veier en svimlende 1,200 pounds., Felles for alle oppdrag, bjeller servert en rekke formål: de annonserte tid for masse, arbeid, måltider, og siestas. Selvfølgelig, de har også advart om fare, tolled å ære de døde, ringte for å feire fred, og proklamerte ankomst av gjester.
Far Junipero Serra ‘ s legacy er fortsatt på denne sørlige meste av California oppdrag. Bygget i 1774, La Casa de Padre Serra, er der oppdraget idealist når sov. Det antas at dette rommet er det eneste originale plass til å ha overlevd Indisk angrep og naturkatastrofer.
Mission San Diego ‘ s militære siste har vært begivenhetsrik., Den Amerikanske militære okkupasjonen av oppdraget startet i 1846 og varte i 16 år, før President Abraham Lincoln undertegnet en erklæring tilbake oppdrag til den Katolske Kirken i 1862.
i Dag, kirken og en nyere kapell, La Capilla de San Bernardino, kombineres for å tjene som religiøst senter for Mission San Diego er fremdeles stor og aktiv soknet.